Автором послания к пастве стал архиепископ Антоний (Храповицкий). В июне 1912 г. Особое совещание по миссионерским делам при Святейшем Синоде постановило требовать от лиц, подозреваемых в принадлежности к иоаннитам, но желающих принять Святые Таины, предварительно публичного засвидетельствования их веры и разработало «Формулу положений, устраняющих подозрения в принадлежности к секте иоаннитов». В ноябре того же года было прекращено издание «Кронштадтского маяка». Однако многие священники по-прежнему причащали иоаннитов, стремясь проповедью и убеждением постепенно изжить их заблуждения. Никто из иоаннитских лидеров не был привлечён к ответственности по обвинению в ереси и отлучён от церкви. Святейший Синод запретил совершать панихиды и заупокойные литургии на могиле Порфирии Киселёвой в Ораниенбауме (ум. в 1905 г.), но после короткого перерыва это было вновь разрешено. 20 октября 1912 г. в Кронштадте умер один из основателей движения иоаннитов «старец Назарий» (Дмитриев), на похороны которого собралось много народа. Перед смертью Дмитриев исповедался, был отпет и погребён по церковным правилам. Иоанниты стали менее активными в пропаганде своих взглядов, в дальнейшем внимание к ним государства и общественности резко снизилось. Последний громкий скандал вокруг иоаннитов был связан с их «кронштадтской богородицей» Коргачёвой. Она была арестована в апреле 1913 г. за истязания с целью вымогательства денег хуторянина-иоаннита Екатеринославской губернии «апостола» иоаннитов Варламова. Расследование показало, что Варламов был отправлен Коргачёвой в Екатеринославскую губернию, где встал во главе местной иоаннитской общины. Он проповедовал крестьянам о скором наступлении конца света и убеждал их быстрее отстраниться от всех мирских дел. Под влиянием этой проповеди крестьяне стали продавать земли, а Варламов, пользуясь случаем, по дешёвой цене скупать их. Часть доходов он отсылал Коргачёвой, но вскоре перестал это делать. Тогда на хутор Варламова приехали иоанниты из Кронштадта, в том числе новый «Иоанн Богослов» секты – некто В. Голубков. У Варламова они забрали 42 тыс. руб., кроме того, заставили подписать несколько обязательств на крупную сумму. Варламов вскоре был арестован по обвинению в вовлечении крестьян в невыгодные сделки; гражданские иски против него подали 43 крестьянина на сумму 300 тыс. руб. В 1914 г., после почти трёхлетнего перерыва, возобновил издательскую деятельность В.Ф. Пустошкин. Все изданные им в 1914–1915 гг. брошюры были официально дозволены духовной цензурой. Брошюры обязательно включали проповеди Иоанна Кронштадтского и были посвящены духовно-нравственным и патриотическим темам. В 1915 г. в Петрограде он опубликовал два обширных труда об Иоанне Кронштадтском: «Правда дороже золота: Что говорят православные иерархи и иностранцы об отце Иоанне Кронштадтском» и «Столп Православной Церкви, всенародно чтимый пастырь и праведник». Последнее, богато иллюстрированное издание содержит описание жизни и подвижнического пастырского служения Иоанна; оно было составлено на основе многочисленных материалов духовной и светской печати, документов, воспоминаний.