Чтобы «рассеять мрак клеветы» по своему адресу, иоанниты заявили о готовности «отдать свою деятельность под самый строгий надзор». При этом в приложении сообщались адреса всех мастерских иоаннитов и давались данные для цензуры на все имевшиеся в редакции иоаннитские издания. Иоанниты обещали немедленно изъять из продажи все книги и брошюры, которые не получат одобрения Санкт-Петербургского миссионерского совета. Не признавая своих воззрений сектантскими, руководители иоаннитов не представили письменного отречения от ересей. В то же время из разных мест продолжали поступать многочисленные свидетельства наличия у иоаннитов неправославных взглядов. Были обнаружены два акафиста Иоанну Кронштадтскому, в которых содержались еретические выражения, относящиеся к его личности. В иоаннитских брошюрах «К свободе призвал нас Господь» (1907 г.) и «Ключ разумения» (1908 г.) утверждалось об ипостасном соединении в одном лице Иисуса Христа и Иоанна Кронштадтского, который в результате «является для мира Богочеловеком». Также в брошюрах говорилось о возможности вторичного прихода на землю Порфирии Киселёвой, старца Назария, некоего «болящего Матвея», т.е. имелись положения, родственные догматам хлыстов о перевоплощении божества. В ноябре 1909 г. по цензурным соображениям власти приостановили выход иоаннитской газеты «Гроза», издателем и редактором которой был Н.И. Большаков. Выход газеты в июле следующего года возобновил уже Н.Н. Жеденов. В начале 1910 г. в «Церковных ведомостях» было опубликовано открытое письмо в редакцию «Чему и как мы веруем» за подписью В.Ф. Пустошкина, М. Уткина, Ф. Соломатова, А. Корепина и И. Ладыгина. Лидеры иоаннитов в очередной раз заверяли, что почитают Иоанна Кронштадтского не за Христа, а «лишь за угодника Божия и нашего праведного молитвенника», никаких «христов» и «богородиц», а равно «апостолов, пророков и тому подобных угодников библейских» в своей среде они «не допускают, также рабу Божию Порфирию, старца Назария, болящего раба Божия Матвея» считают только людьми праведной жизни. По поводу еретических мыслей в прежних изданиях авторы письма заявили: «Ежели что и писали и издавали сомнительного и соблазнительного, виновата в том простота наша. А потому от всего, что нашлось бы неправославного в наших изданиях, отрекаемся с радостью и с молитвою к Богу о прощении нам невольных согрешений». После кончины Иоанна Кронштадтского гражданские власти разрешили деятельность «Иоанновского братства», в котором видную роль играл защитник иоаннитства игумен Арсений (Алексеев). Однако в 1909 г., после проведения следствия, братство было закрыто, как и два его детских приюта. Находившиеся там 90 девочек, собранных со всей России, как оказалось, не получали никакого обучения. Детей содержали в соответствии с аскетическими представлениями иоаннитов (постоянный строгий пост, большие молитвенные правила, замкнутый образ жизни), и они были сильно истощены. К началу 1910 гг. общины иоаннитов продолжали существовать в Костромской, Владимирской, Ярославской, Донской, Таврической, Херсонской, Одесской, Самарской, Киевской, Харьковской, Могилёвской, Вологодской, Пермской, Уфимской, Оренбургской епархиях, а также на Кавказе, в Сибири и на Дальнем Востоке.