В молитвенных помещениях иоаннитов в переднем углу помимо икон имелось несколько изображений Иоанна Кронштадтского, «богородицы» Порфирии Киселёвой, «старца Назария». У иоаннитов не было радений типа хлыстовских. Кроме совместных богослужений, члены общины молились келейно, вычитывая протяжённые молитвенные правила с большим числом поклонов, согласно церковному уставу. Отдельные молитвенные собрания иоанниты объясняли тем, что «они собираются по примеру апостолов и других членов первенствующей Церкви, и что на собраниях ничего худого не делают, а назидают себя, по заповеди апостолов, псалмами, славословиями и песнями духовными», желая в своей религиозной жизни «восстановить тот порядок церковной жизни, какой был при апостолах». Отсюда во главе иоаннитских общин и появились руководители в ранге «апостолов», «пророков», учителей и проч., которые иногда становились самосвятами, т.к. присваивали себе право совершения таинств, а также духовный сан. К таковым, в частности, относились кронштадтские «отец» В.Ф. Пустошкин и Н.И. Дмитриев, именовавший себя иеромонахом, «отец» В. Горобец в Никополе, «отец» В. Воронов в Уфе. В 1902 г. появились первые сведения о кощунственном способе причащения среди иоаннитов Святых Таин, будто бы оставленных Иоанном Кронштадтским (рапорт протоиерея Димитрия Люцернова из Ораниенбаума). В некоторых общинах совершалась имитация «причащения» хлебом и вином из чаши с изображением Иоанна Кронштадтского. Так, сообщалось, что на ночных собраниях кронштадтских иоаннитов кроме чтения акафистов и пения различных кантов наставник Скоробогатченков совершал следующее: брал просфору и чашу с вином, подносил их к портрету Иоанна Кронштадтского и говорил: «Ты, Господи, в отце Иоанне, Ты всё знаешь и видишь, претвори просфору в тело Христово, а вино в кровь Христову». После этого он исповедовался, исповедовал девиц, «причащался» и давал ложечкой «причастие» всем остальным. Так «причащал» своих последователей и В.Ф. Пустошкин. Утверждалось, что при этом используются или Святые Дары, которые Иоанн Кронштадтский дал кому-то из иоаннитов, или просфоры. Пропагандист И. Чернов проповедовал, что в день всеобщего суда это «причастие» будет служить печатью, по которой Иоанн Кронштадтский узнает своих последователей и спасёт их. Однако миссионеры сообщали и о том, что И. Чернов «не причащал братию», а размачивал просфору водой в чашке с портретом Иоанна Кронштадтского и предлагал присутствующим – утром после продолжительной молитвы перед вкушением пищи. Иоанн Кронштадтский многократно разъяснял, что учение иоаннитов неправославно и никакого отношения к его проповедям не имеет: «Пройдохи странники, рассеявшись по разным городам и сёлам, смущают простодушных крестьян рассказами, будто бы от меня слышанными, что скоро Страшный суд будет, что скорее надо заботиться о своих душах и отлагать все житейские попечения, надо продавать имения и отдавать деньги им, проходимцам, как бы для вручения мне – для нищих. При этом они внушают доверчивым, что нужно ехать в Кронштадт, ибо там только можно будто бы получить спасение. Из многих местностей я получал подобные заявления от благочинных и простых священников и отписывался им, что я ничего общего с такими пройдохами не имею и никого из них никогда не просил помогать мне материально и не просил собирать ни с кого не только рублей, но и копеек, зная, что лучше давать, нежели принимать».