Очень строго, по-монашески, в общинах соблюдались все посты. Во время трапезы читались Псалтирь или Жития святых. Члены общины регулярно посещали храм, не реже 12 раз в год причащались; молились истово и продолжительно келейно, а также участвовали в молитвенных собраниях общины. Иоанниты не отрицали таинство брака, но утверждали, что супружеская жизнь есть нечто греховное, даже блуд, и призывали к целомудрию. Подобно хлыстам, они учили: «Женатые – разженитесь, а неженатые – не женитесь» – и практически осуществляли эту заповедь. Однако при этом в некоторых общинах имели место случаи так называемого духовного сожительства, т.е. внебрачные связи между «сёстрами» и «братьями» или между руководителем общины и «сёстрами», что подтверждали материалы из разных мест (Забайкальская, Донская, Уфимская епархии). Петров («архистратиг Михаил») свидетельствовал: «Сперва происходит обращение телесное, а потом духовное. Прежде закаляют плоть истязанием, а потом освящают духовно сношения мужчины с женщиною. Случается, что мы обращаем в нашу веру и против желания. Ведь не всякий больной признает пользу лекарственного снадобья». По сообщению миссионера Донской епархии Грацианского, один из иоаннитских проповедников «увозил девиц в г. Кронштадт под предлогом поклонения о. Иоанну. Запрошенный о сём полицмейстер Санкт-Петербурга сообщил, что эти девицы никакого отношения к о. Иоанну не имеют и живут в Кронштадте в доме г-на Максимова; они были возвращены по этапу, и некоторые возвратились в интересном положении». Среди части иоаннитов, например, в Вологодской епархии, проповедовалось, что дети есть плод греха, «бесенята». По сообщению миссионеров Екатеринославской епархии, в иоаннитских общинах во время болезни не считалось нужным обращаться к земским врачам, отчего бывало немало смертных случаев (особенно среди детей). В то же время в Пермской епархии, по свидетельству епархиального миссионера А.Г. Кулешова, отрицания брака среди иоаннитов не было заметно. К духовенству иоанниты относились настороженно, считая его заражённым толстовством и отошедшим от истин святоотеческого аскетического православия. В ответ на обличения иоаннитских заблуждений со стороны священства в «Кронштадтском маяке» и отдельных брошюрах допускались резкие выпады в отношении не только рядового духовенства, но даже архипастырей, например, Санкт-Петербургского митрополита Антония (Вадковского) и Вятского епископа Филарета (Никольского). Наиболее радикально настроенные иоанниты учили, что существует две церкви – языческая и православная, и к последней принадлежат только иоанниты. Проповедовавший в Херсонской епархии А. Чернов утверждал, что православная церковь – это ад, и спастись в ней нельзя. Однако большинство иоаннитских общин мыслили себя внутри церковной ограды и не порывали связи с православием, обличая среди священства лишь «прогрессистов», «либералов» и «толстовцев». Как правило, иоанниты регулярно посещали православные храмы, участвовали в богослужениях, исповедовались и причащались (если их допускали до таинств). Они собирались также на моления, где помимо положенных церковью молитв ежедневно читали часы, повечерия, акафисты Спасителю, Божьей Матери и св. угодникам Божьим, Покаянный канон, пели богослужебные песнопения, стихи и канты, посвящённые Иоанну Кронштадтскому, а также Порфирии и другим почитаемым лицам; читали и обсуждали проповеди о. Иоанна.