Православная церковь пыталась выйти из кризиса путём укрепления внутрицерковного порядка, усиления своих позиций в обществе, реформирования монашеской жизни. Однако непоследовательность в осуществлении реформ приводила к столкновениям епископата и мирян, объединённых в православные братства. Первоначальной целью этих православных обществ была забота о материальном благосостоянии церквей и православного просвещении. Зачастую братства имели не только церковный характер, например, братство, основанное в Вильно в середине XV в., было кушнирским (скорняжным), в конце века к нему присоединились четыре других братства: панское (городское), купецкое, кожемяцкое и росское (Росса – предместье Вильно), в 1574 г. они объединились в виленское Свято-Троицкое (позднее Свято-Духовское) братство, носившее уже чисто церковный характер. В конце XVI – начале XVII в. братства появились почти во всех городах Беларуси: Спасское (позднее Преображенское) в Могилёве (1589 г.), Никольское (позднее Колядное) в Бресте (1591 г.), Преображенское в Слуцке (1606 г.), Петропавловское в Минске (1612/1614 г.), Богоявленское в Пинске (1633 г.) и др. Братства добились права участия в выборе духовных лиц, надзора за ними, защиты интересов православной церкви и борьбы с неправославными учениями посредством выпуска богословских сочинений и устройства школ. По мере развития братского движения к нему присоединялись представители православной знати и шляхты. Крупнейшие братства в Вильно, Могилёве и Слуцке получили ставропигиальный статус. Однако усиление влияния братств и их вмешательство в церковные дела ущемляли епископскую власть и вызывали стремление избавиться от непрошеной опеки. Требование со стороны братств присылки патриаршего экзарха для суда над недостойными иерархами представляло прямую угрозу для многих архиереев. Всё это заставляло западнорусских владык искать покровительства у папы и видеть спасение в унии с Римом. Идея церковной унии находила поддержку и со стороны государственной власти, заинтересованной в религиозном единстве многоконфессиональной страны и разрыве связей между Киевской митрополией и другими частями православного мира. Приняв решение о подчинении папе, западнорусские епископы – Киевский митрополит Михаил (Рогоза), епископы Владимиро-Волынский Ипатий (Потей) и Луцкий Кирилл (Терлецкий) – выставили условие сохранения православной догматики и обрядов. Однако папская курия настояла на принятии католического вероучения, православным были оставлены только обряды, но с оговоркой, если таковые не противоречат католическому учению. О подчинении Римскому папе Киевской митрополии было объявлено 9 октября 1596 г. на Соборе в Бресте. Одновременно с униатским в Бресте заседал православный Собор под председательством экзарха Константинопольского патриарха св. Никифора при участии Кирилла Лукариса, экзарха Александрийского патриарха, епископов Львовского Гедеона (Балабана) и Перемышльского Михаила (Копыстенского), большого числа архимандритов, игуменов, священников и мирян. Безопасность участников Собора обеспечивал поборник православия князь Константин Константинович Острожский. Собор проклял унию, епископов, принявших её, лишил сана.