Папа Александр VI освободил великого князя Александра от необходимости выполнять обязательства, данные тестю, великому князю Московскому Ивану III, «никогда не принуждать к римской вере» жену Елену. В случае отказа Елены принять католичество папа уполномочил Виленского епископа Войцеха Табора не только разлучить её с мужем, удалив из дома, но и конфисковать её имущество. Великий князь Литовский отказался построить в Вильно православный храм для великой княгини. В 1501 г. католический Виленский епископ получил от папы право «светского меча», т.е. право преследовать и даже казнить противников католичества. Именно в это время было установлено взимание с православных жителей Великого княжества Литовского десятины на содержание католических приходов. Результатом государственной политики стал быстрый рост числа католических приходов: к 1500 г. их было в Беларуси 90, в 1550 г. – 152. При Александре Казимировиче была предпринята новая попытка введения церковной унии. После убийства крымскими татарами митрополита Макария на Киевскую митрополию был назначен Смоленский епископ Иосиф (Болгаринович; 1498–1501 гг.), приверженец унии. Он обратился к папе Александру VI с письмом от своего собственного имени, в котором признал Флорентийскую унию, католический Символ веры и передал себя и церковь под покровительство папы. Иосиф просил, чтобы униатам, признавшим власть папы, разрешили строить храмы и сохранить восточные обряды, чтобы католики не требовали их повторного крещения. Папа заявил, что не может признать Иосифа, поставленного Константинопольским патриархом, настоящим митрополитом, и потребовал, чтобы тот явился в Рим для повторного возведения в сан. Гонения на православие во время правления Александра Казимировича вызвали серьёзные политические осложнения в Великом княжестве Литовском, важнейшим из которых стал отъезд русских православных князей на службу к великому князю Московскому, что в итоге привело к войне между двумя государствами в 1500–1503 гг. Внутриполитические противоречия, а затем и военные неудачи заставили Александра оградить права Западнорусской церкви рядом грамот, основной из которых была грамота (1499 г.), подтверждавшая «Свиток Ярослава» и гарантировавшая неприкосновенность святительского суда, ограждавшая имущественные права православного духовенства Западнорусской митрополии. Православные получили возможность свободно исповедовать свою веру, ставить храмы и монастыри. В конце XV – начале XVI вв. на белорусских землях были построены: в 1496 г. Пустынский Богородичный монастырь в Мстиславле, в 1497 г. Спасский монастырь в Кобрине, в 1498 г. монастырь в Городке, в 1500 г. перенесённый в Супрасль, в 1499 г. Вознесенский монастырь в Минске, около 1500 г. Рождество-Богородичная церковь в Минском замке и Троицкий монастырь в Дрогичине, в 1502 г. Ильинская церковь в селе Саковщина (современный Ошмянский район), Никитская церковь в Здитове и Збироговская церковь (современная Гродненская область), в 1507 г. соборная Димитриевская церковь в Пинске и церкви в честь Рождества Богородицы в Вильно и Бельске.