Право «опеки» над православными кафедрами и монастырями короли зачастую передавали магнатам, в том числе католикам и даже католическому духовенству, не заинтересованному в улучшении положения православной церкви. С другой стороны, православные епископы, опираясь на могущество своих светских патронов, часто выходили из повиновения митрополиту, не являлись на Соборы, священники без разрешения архиерея переходили в другие епархии и там получали назначение на приходы от патронов храмов. Всё это ослабляло православную церковь в противостоянии наступлению католичества, пользовавшегося неизменной поддержкой государственной власти. Для обращения православных в католичество власть поощряла основание на «русских» землях католических монастырей, главной задачей которых был прозелитизм, православное население было поставлено в неполноправное положение по отношению к католическому. Православная знать в Великом княжестве Литовском до 1563 г. не имела права занимать высшие государственные должности, дискриминация городского населения выражалась в том, что две трети цеховых доходов шли на нужды членов-католиков, несмотря на то что большинство населения городов составляли православные, православные крестьяне должны были платить десятину на содержание католических священников. В это трудное время приобрела особое значение этнообразующая и культурообразующая роль православия для восточных славян в условиях многонационального и многоконфессионального государства, каким являлось Великое княжество Литовское, а затем Речь Посполитая. Православие способствовало сохранению и распространению на территории Беларуси этнонимов «Русь», «русин», «русский», «русские люди», в подавляющем большинстве источников того времени православная церковь в Великом княжестве Литовском называли «русской», а православное население – «русским». В середине XVI в. в Белоруссии получило развитие реформационное движение (см. Реформация), к которому примкнули магнаты, шляхта и часть зажиточных горожан. Проповедническую деятельность в духе протестантизма вели в Беларуси бежавшие из Москвы после осуждения их Собором 1554 г. Феодосий Косой и поп Фома; общины их последователей существовали в Полоцке и Витебске. Однако они не добились большого успеха во многом благодаря деятельности старца Артемия. Обосновавшись в Троицком монастыре князей Слуцких, он устно и через послания к православным князьям обличал ереси. По свидетельству современников, «преподобный инок... в Литве от ереси арианской и лютеранской многих отвернул, а чрез него Бог исправил же ся весь народ русский в Литве от ереси тыи не перевернул». Артемий хлопотал перед князьями Четвертинскими, Зарецкими и др. об устройстве православных школ. Против распространения разного толка протестантских учений выступали иноки Супрасльского монастыря, ставшего одним из самых значительных духовных центров не только Великого княжества Литовского, но и всей Восточной Европы. В широком распространении реформационных учений и восстановлении прав православных светские и католические власти только что созданной (1569 г.) Речи Посполитой видели угрозу католичеству. Именно этим объясняется приглашение в Польшу (1564 г.), а затем в Вильно (1569 г.) иезуитов, которые повели решительную борьбу с религиозными диссидентами.