Полемизируя с некоторыми современными ему исследователями Средневековья, Э.А. Жильсон ставил под сомнение существование латинского аверроизма как оформленного направления мысли; он считал искусственной проблему универсалий и не уделял ей особенного внимания. Это, как полагают исследователи, объясняется тем, что Э.А. Жильсон рассматривал «Средневековье через призму теологии по преимуществу», зачастую игнорируя собственно философские (нередко весьма оригинальные и потому неортодоксальные) элементы мысли. С методологической точки зрения историко-философские исследования Э.А. Жильсона во многом принадлежат к научной стилистике XIX в.: его работы тщательно отделаны и структурно выверены, набрасывание общих мировоззренческих картин превалирует в них над разработкой отдельных частных вопросов, синтез встречается чаще, чем анализ. В историко-философских работах он часто преследовал популяризаторские цели, оговаривая это и отсылая заинтересованного читателя к более специфическим исследованиям других авторов. Свою задачу он видел, скорее, в объединении уже наработанного, чем в проведении собственных текстологических и исторических исследований. Несмотря на то, что многие позиции и выводы Э.А. Жильсона в настоящее время представляются безнадёжно устаревшими, его общая методология и отдельные концепции остаются актуальными и для современной медиевистики. В целом его историко-философские исследования характеризуются тесной привязкой к текстам, всякий раз полагаемым в основание исследования, что позволяет исследователям рассматривать его работы как «проясняющее толкование». Для Э.А. Жильсона текст является началом, серединой и концом историко-философской работы, поскольку лишь через текст исследователь способен получить подлинный доступ ко взглядам того или иного мыслителя. Все прочие источники (биографические данные, культурно-исторический контекст, последующие комментарии, собственные теоретические построения) должны быть подчинены логике текста. Исследователь не должен судить о тексте, исходя из сложившихся представлений о его авторе, напротив, только из текста и на основании текста может сложиться достоверный образ автора. Однако, согласно Э.А. Жильсону, текст может быть верно интерпретирован и понят лишь при помещении его в надлежащий контекст. Наиболее важным контекстом для понимания философской мысли Средневековья Э.А. Жильсон считал христианскую теологию, задавшую основные темы, которые рассматривались средневековыми философами, и определяющим образом повлиявшую на их философскую методологию. Не менее важным оказывается и более узкий исторический контекст: определённые проблемы возникали в определённое время, становились центром рассмотрений и споров, а затем сходили на нет, и их место занимали другие проблемы и концепции. Однако этот контекст раскрывается Э.А. Жильсоном не чисто теоретически, а из совокупности взаимосвязанных текстов, так что зачастую его аналитические историко-философские сочинения выглядят как цепочки текстов, из которых один выбирается в качестве основополагающего, а остальные размещаются вокруг него, выявляя скрытые в нём смыслы.