Настороженное отношение к идеям Э.А. Жильсона выразил видный представитель лувенской школы изучения Средневековья Фернанд ван Стеенберген, который критиковал попытку Э.А. Жильсона найти «христианскую философию» в сочинениях Бонавентуры, называя само понятие «христианская философия» лишённым значения термином. Согласно Ф. ван Стеенбергену, «ни святой Августин, ни святой Бонавентура, ни святой Фома... не думали о разработке каких-то “философий”... которые были бы намеренно христианскими». По общему мнению лувенских медиевистов, разум не может считаться подлинно философским, если он работает внутри теологии. Теологии нет нужды проникать в философию и преображать её, поскольку философия имеет собственную область приложения, в рамках которой она вполне самодостаточна и компетентна. Поэтому различия между средневековыми мыслителями – это различия философских подходов, которые не способны поколебать их теологическое единство. Однако эти философские различия безопасны для веры до тех пор, пока не помещаются внутрь теологии, а именно к такому их помещению приводит логическое продолжение идей Э.А. Жильсона. Серьёзные разногласия были у Э.А. Жильсона и с представителями так называемого римского томизма, близкими к ватиканской церковной администрации (Режиналь Гарригу-Лагранж, М. Лабурдет). Основательной и последовательной критике взгляды Э.А. Жильсона были подвергнуты в работе Дж. Куинна «Томизм Этьена Жильсона: Критический анализ», вызвавшей широкую полемику. Дж. Куинн упрекал Э.А. Жильсона в создании особого рода теологизированной философии, которую он обозначил как «теологизм». По мысли Дж. Куинна, эта философия отождествлена Э.А. Жильсоном с рациональной частью теологии, покоится на теологических основаниях и потому является не более чем рационализацией теологических предпосылок, которые сами по себе не подвергаются критической рефлексии. Серьёзные упрёки в непоследовательности Дж. Куинн выдвигал в адрес важной для Э.А. Жильсона концепции «непосредственной интуиции» бытия, находя в ней неверифицируемый догматизм. Видя серьёзный недостаток метафизики Э.А. Жильсона в её отрыве от исследования природы, Дж. Куинн находил, что метафизические построения Э.А. Жильсона вообще никак нельзя соотнести с реальностью, а потому они являются не более чем субъективными диалектическими конструкциями. Похожий упрёк в абстрактности был выдвинут и против понятия «существование»: согласно Дж. Куинну, Э.А. Жильсон неоднократно пишет о его понятийной неопределимости и, тем не менее, пользуется им как понятием, имеющим известный смысл, что путает его построения и превращает их в словесное конструирование. Наконец, Дж. Куинн находил недостатки и в анализе доказательств бытия Божия Фомы Аквинского у Э.А. Жильсона, полагая, что тот проигнорировал лежащие в их основании положения философии природы и потому интерпретировал их чрезмерно абстрактно и всецело метафизически.