24 октября 1946 г. Э.А. Жильсон был избран членом Французской академии; в 1947–1948 гг. представлял прокатолическую партию Народно-республиканское движение (Mouvement républicain populaire; MRP) в Совете Республики (Conseil de la République). С 1945 по 1950 гг. опубликовал более сотни общественно-политических статей в газете «Le Monde», в которых обсуждал различные вопросы послевоенного положения Франции. Ряд резких высказываний Э.А. Жильсона, негативно оценивавшего милитаризацию Франции и её участие в международных военно-политических организациях, послужил поводом для публичных упрёков в его адрес и даже обвинений в измене французским интересам. Под давлением враждебной критики Э.А. Жильсон в 1951 г. был вынужден отказаться от преподавания в Коллеж де Франс, чтобы целиком посвятить себя работе в университете Торонто, где продолжал преподавать вплоть до 1968 г. В 1971 г. он окончательно покинул Канаду и остаток дней провёл во Франции, на родине матери в Краване. Результаты научной работы Э.А. Жильсона в 1920–1970 гг. отражены в его многочисленных монографиях и журнальных публикациях. Он неоднократно организовывал конференции по средневековой философии, выступал в качестве приглашённого лектора в крупнейших университетах мира, стимулировал издательскую деятельность. В 1926 г. Э.А. Жильсон совместно с философом Г. Тери основал посвящённый изучению Средневековья журнал «Archives d'histoire doctrinale et littéraire du moyen âge» («Архив идейной и литературной истории Средних веков»), в котором публиковал обширные статьи. Основал продолжающуюся до настоящего времени серию «Études de philosophie médiévale» («Исследования по средневековой философии»), выпускаемую парижским издательством «Vrin», под его руководством также начал издаваться ежегодный журнал Папского института средневековых исследований «Medieval Studies» («Средневековые исследования»). Этим институтом была выпущена подготовленная М. Макграт библиография, включающая все сочинения и статьи Э.А. Жильсона: 935 наименований его работ и 260 заглавий исследований, посвящённых различным аспектам его творчества. Идеи Э.А. Жильсона получили широкое распространение, особенно в университетах США и Канады, где их развивали его многочисленные ученики и последователи. Серьёзное влияние различные аспекты мысли Э.А. Жильсона оказали на таких авторов, как Ханс Урн фон Бальтазар, Карл Ранер, Г. Маккаби, Т. Вейнанди и многие другие. Последовательное развитие мысли Э.А. Жильсона весьма точно описывают слова Жака Маритена: «Начав свой путь в качестве историка, он продолжил его уже философом, и в ходе своей деятельности всё сильнее и определённее утверждался в достоинствах метафизика». Первое обращение Э.А. Жильсона к изучению средневековой философии произошло под сильным влиянием его занятий философией Рене Декарта. Э.А. Жильсон счёл философский метод Р. Декарта неадекватным поставленным им задачам и пришёл к выводу, что «Декарт тщетно пытался с помощью своего знаменитого метода решить те философские проблемы, правильная постановка и решение которых неотделимы от метода св. Фомы».