Анализ этих сочинений показывает исследователям, что Э.А. Жильсон предпочитал подробный пересказ взглядов того или иного мыслителя, основывающийся на одном или нескольких произведениях, и лишь изредка обращался к широкому теоретическому осмыслению этих взглядов, соотнесению их с последующей историей философии и современной ему философской проблематикой. При этом с аналитической стороны его оценки несут в себе несомненное отражение его томистского мировоззрения, однако в отличие от многих других томистских авторов Э.А. Жильсон был озабочен не тем, чтобы попытаться свести все философские концепции к учению Фомы Аквинского как к некоему общему знаменателю, а тем, чтобы, напротив, «подчеркнуть интеллектуальные разногласия среди мыслителей томистского и посттомистского периода». Вместе с тем, по мнению исследователей его творчества, рассмотрение понятий Фомы как задающих направление и содержание историко-философского исследования обусловливает серьёзные недостатки подхода Э.А. Жильсона. Важнейшим из них считается слишком поспешное постулирование общего мыслительного контекста, выводимого из общности философской терминологии и доктринального единства. При этом считается, что недостаточно внимания у Э.А. Жильсона уделено подвижности самой терминологии, т.е. такой ситуации, при которой одинаковые слова и понятия могут у разных мыслителей связываться друг с другом различным образом. В работах Э.А. Жильсона проявляется борьба двух тенденций: с одной стороны, он стремился свести средневековую мысль воедино, исходя из томистского центра, с другой стороны, не мог игнорировать имеющиеся у средневековых авторов радикальные различия в решении многих основополагающих философских проблем. Единственным выходом из такой двойственности, который смог предложить Э.А. Жильсон, было постулирование теологического единства при философском различии, однако этот его тезис неоднократно подвергался критике как чрезмерно оптимистический и не соответствующий исторической действительности. Таким образом, в целом задача Э.А. Жильсона состояла не в том, чтобы усмотреть в учении средневековых мыслителей «некий единый философский стержень» (единственным соединяющим их стержнем он считал теологическое и доктринальное согласие), «а в том, чтобы показать, что в ситуации разногласия ярче сияет истинная философия». При этом томистский подход повлиял на особый ракурс рассмотрения концепций средневековых авторов: в центре внимания Э.А. Жильсона находятся понятия «бытие» и «существование», ключевые для мысли Фомы, однако менее актуальные для многих других средневековых мыслителей, так что в результате их искусственного выведения на первый план отчасти смещаются действительные акценты в концептуальных схемах этих философов. Ещё более опасной признаётся зачастую прослеживающаяся у Э.А. Жильсона тенденция оценивать взгляды различных мыслителей с томистской позиции, не поясняя этого. Взгляды Фомы изначально принимаются им как истинные, и именно с их помощью он оценивает реальный философский вклад иного автора, однако для тех, кто не разделяют подобной абсолютизации томизма, зачастую оказывается нелёгкой задачей отделить Э.А. Жильсона – объективного историка от томиста Э.А. Жильсона, высказывающего догматизированные суждения.