Рассматривая в своих учебных работах понятийный словарь и идейное содержание, заимствованные Р. Декартом из предшествовавшей схоластической традиции, Э.А. Жильсон обнаружил в средневековой схоластике богатейшее философское содержание, знание которого он стал оценивать как существенное и необходимое для понимания идей философии Нового времени и последующих периодов. По собственному утверждению, Э.А. Жильсон «решил учиться метафизике у тех, кто действительно её знал, а именно... у схоластиков». Он осознанно поставил пред собой задачу выявить «непрерывность философской традиции, начиная с Древней Греции и вплоть до современности», для чего оказалось, прежде всего, необходимым преодолеть традиционное представление о «нефилософском» характере средневековой мысли и обозначить реальное место в философской традиции «тех христианских мыслителей, которые слишком долго изгонялись из неё». Сам Э.А. Жильсон впоследствии объяснял направление своих исследований тем, что «невозможность согласовать взгляды» современных ему философов дала импульс его юношескому стремлению «обратиться к истории философии», где такое согласие представлялось ему возможным. Первым этапом поиска такого согласия стал анализ связей философии Р. Декарта, с одной стороны, с античной философией, а с другой стороны – с идеями непосредственно предшествовавших ему схоластов. В результате этого анализа Э.А. Жильсон пришёл к выводу, что идейное содержание философии Р. Декарта не может быть выведено из античных философских концепций, но несёт на себе очевидные следы влияния средневековой христианской мысли. Понимаемый Р. Декартом как бесконечное Сущее всемогущий Бог, являющийся свободным Творцом и основанием бытия мира, который существует благодаря Ему – первой действующей причине, есть нечто чуждое и неприемлемое для философских систем Платона и Аристотеля. Представление Р. Декарта о человеке как о субстанциальном единстве души и тела, наделённом бессмертием, также мало похоже на аристотелевское представление о человеке. Вместе с тем все эти идеи являются общим местом для теологически ориентированной средневековой христианской мысли. Проведённый исторический анализ заставил Э.А. Жильсона заключить, что античная философия претерпела значительную модификацию и была творчески преобразована вследствие её контакта с христианской верой в средневековой теологии; это взаимодействие расширило и обогатило все области философии. Таким образом, во многом восприняв терминологию и методологию греческой философии, христианство вместе с тем наделило её новым, неизвестным прежде философским содержанием. Именно такую «обновлённую» философию, а не «чистую» философию греков восприняли мыслители XVII в. независимо от того, отдавали ли они сами себе в этом отчёт или нет. Тем самым Э.А. Жильсон обосновал первую и весьма важную часть своего историко-философского подхода: «История средневековой философии» вовсе не искусственное построение, напротив, анализ процесса развития философии вынуждает любого серьёзного исследователя современных философских концепций обратиться к их корням, которые обнаруживаются не в одной только Античности, как полагали прежде, но и в христианском Средневековье.