По словам Э.А. Жильсона, это понятие «подобно лучу света, освещающему всё остальное, особенно в том, что касается метафизики и теологии». Он находил кардинальные отличия в трактовке понятия «бытие» у Фомы и других философов, включая Аристотеля, несмотря на то что многими исследователями онтологические взгляды Фомы интерпретировались как особый, «христианизированный» аристотелизм. Находя такую позицию совершенно неприемлемой, Э.А. Жильсон писал, что «бытие» у Аристотеля обозначает субстанцию, конкретную наличествующую сущность, будь то чистая форма или сложное сущее, состоящее из материи и формы. Напротив, для Фомы «бытие» обозначает существование как особый акт: «Res (вещь) и essentia (сущность), два первых понятия в мышлении, не являются последними понятиями, на которых оно останавливается в своём усилии мыслить бытие. Всякое сущее существует благодаря тому, что сущность оплодотворяется актом существования». Согласно Э.А. Жильсону, понятия «бытие» и «существование» в их томистском прочтении употребляются по отношению к Богу и творению в различном смысле: «Между бытием Бога и тем причастным бытием, которым являемся мы, нельзя найти общей меры, так что мы можем сказать..., что творение имеет своё бытие, тогда как Бог есть Своё бытие». Божественное Бытие, по мысли Э.А. Жильсона, является причиной существования творения как совокупности вторичных причин, при этом первый акт, который оно сообщает творению, – это само бытие. Таким образом, творение интерпретируется Э.А. Жильсоном как передача активности, первоначально свойственной одному лишь Богу, т.е. как передача существования. Используя применяемый Фомой принцип аналогичности бытия, Э.А. Жильсон намеревался преодолеть «несоизмеримость» Бога и мира в общем для них понятии «существование». Характерным моментом в интерпретации понятия «существование» у Э.А. Жильсона было учение о том, что существование как акт бытия не может быть познано ни дискурсивно, т.е. путём логических умозаключений, ни интуитивно, поскольку оно, имея божественный исток, выходит за пределы человеческих когнитивных способностей. Согласно Э.А. Жильсону, существование постоянно находится у человека «перед глазами», однако он не способен «увидеть» его, он может лишь опознать и «локализовать» его в акте суждения, признав «скрытым корнем всего того, что мы можем видеть и что мы можем пытаться определить». Поэтому к постижению существования приходится идти долгим путём: сначала у человека формируется определённое (пусть даже смутное) понятие сущности, обладающей актом существования, и уже от понятия сущности человек движется к более полному постижению сущего, соединяющего в себе сущность и существование. В поздний период творчества идея существования сопрягалась Э.А. Жильсоном с восходящим к «Ареопагитикам» представлением о божественном Ничто. Согласно интерпретации Э.А. Жильсона, в системе Фомы человек возвышается от обычных чувственных восприятий к восприятию Бога, причём это происходит благодаря осознанию того, что существующие вещи не могут существовать сами по себе, они имеют своё существование от чего-то иного. Лишь Бог существует как сам акт существования, Его сущность проявляет себя как существующая.