Согласно Э.А. Жильсону, в Средние века философия была живым элементом внутри теологии, однако сам факт её помещения в теологический контекст вовсе не может считаться достаточным основанием для отрицания её подлинного философского характера. Философское мышление не отменяется религиозной верой, но существует внутри неё, обогащаясь благодаря перемещению в особое смысловое поле религиозных концепций. В том смысле, в каком Э.А. Жильсон пользуется термином «христианская философия», он призван обозначать не столько какую-либо определённую философскую систему, сколько особый способ занятий философией, употребление разума в религиозных целях. В общем смысле «христианские философы... пытаются рационально обосновать каждую дарованную Откровением истину, доступную естественному разуму». Однако исторически, по утверждению Э.А. Жильсона, этот способ наиболее полно был реализован мыслителями христианского Средневековья, и прежде всего, Фомой Аквинским. Поэтому томизм как система философских позиций Аквината является для Э.А. Жильсона идеальным образцом «христианской философии». С методологической стороны томизм Э.А. Жильсона характеризуется двумя принципиальными установками. Во-первых, исходя из представления о «христианской философии» как о составной части теологии, он полагал, что оригинальные философские представления Фомы Аквинского отражены исключительно в его теологических сочинениях. В отличие от прочих неотомистов, которые пытались реконструировать философию Аквината, пользуясь его комментариями к работам Аристотеля, Э.А. Жильсон считал, что «в своих комментариях к произведениям философа св. Фома пытается передать идеи Аристотеля, а не свои собственные». Во-вторых, Э.А. Жильсон не признавал в качестве авторитетных источников для интерпретации идей Фомы трактаты его комментаторов, причём как наиболее ранних и знаменитых (Иоанн Капреола, Каэтан Тиенский, Доминго Банес), так и многочисленных авторов XVII–XIX вв., представлявших учение Фомы в виде многообразных «систем» и «компендиумов». Своё отношение к комментаторам Фомы Э.А. Жильсон выразил ёмкой формулой: «Пусть св. Фома Аквинский сам истолковывает своё учение». Поясняя этот тезис, Э.А. Жильсон писал, что необходимо «судить с точки зрения св. Фомы о комментаторах его произведений», а не «рассматривать его учение с точки зрения этих комментаторов». Основной просчёт истолкователей Фомы в Новое время Э.А. Жильсон видел в том, что они, отвечая на вызов секуляризованных философских концепций, подчиняли своё изложение методологии секулярной философии и разделяли философию и теологию. Это, по утверждению Э.А. Жильсона, проявилось уже в порядке рассмотрения проблем: рассуждение в этих работах ведётся от мира к Богу, тогда как у самого Фомы (прежде всего, в «Сумме теологии») присутствует обратный (теологический) порядок – от Бога к миру. Главный смысловой узел философии Фомы Аквинского Э.А. Жильсон видел в понятии бесконечного бытия (esse), в котором сочетаются сущность (essentia) и существование (existentia).