Объясняя природу зла, Ориген исходил из фундаментальной предпосылки, согласно которой разумные существа были сотворены из ничего, поэтому они обладают изменчивым и подвижным бытием. Бог даровал им свободу и произволение, чтобы произведённое ими добро было их собственной заслугой, а нерадение к добродетели вменялось бы им в вину. Они в равной степени способны как на добро, так и на зло, «что, впрочем, никоим образом не означает, что всякое существо приняло зло». В космологическом аспекте, согласно Оригену, отпадение от Бога есть безусловное зло, которое лежит в основании нынешнего состояния мира и человечества. Ориген считал возникновение зла следствием недолжного использования свободы, возлагая ответственность за зло в мире на свободную волю разумных существ: «Отступить от добра означает не что иное, как сделать зло: ибо известно, что зло есть недостаток добра (malum esse bono carere). Отсюда вытекает, что в какой мере кто-нибудь отпадал от добра, в такой же мере он предавался злу. Следовательно, каждый ум (mens), пренебрегая добром в большей или меньшей степени, сообразно со своими движениями, вовлекался в противоположное добру, что, без сомнения, и есть зло». Разбирая слова Евангелия от Иоанна: «Всё чрез Него начало быть, и без Него ничто не начало быть» (Ин. 1:3), Ориген задавался вопросом: не включает ли понятие «всё» также и зло, грех и пороки? Предлагая ответ, он указывал, что «среди сотворённых Словом Божьим созданий нет ничего нелепого и неуместного». Поэтому «зло не имеет самостоятельного бытия, то есть не существует в собственном смысле; его не было изначально и не будет всегда». В этом смысле зло есть «ничто», – этим словом, по утверждению Оригена, обозначается всё то, что «получило мнимое существование, притом не от Бога и не от Слова Божия». Рассматривая те же слова с другой стороны, Ориген ссылался на изречение Христа: «Никто не благ, как только один Бог» (Мф. 19:17). Поскольку «благо» и «бытие» суть одно и то же, а благу противоположны зло и порок, бытию же – небытие, порок и зло соответствуют небытию. Таким образом, «ничто», возникшее помимо Слова Божия, не входит в понятие «всё». Ориген специально останавливался на платоническом утверждении, согласно которому материя есть начало зла и причина присутствия зла в мире. Соглашаясь с платоником Цельсом в том, что зло происходит не от Бога, он в то же время отмечал, что «у каждого человека воля есть причина пребывающего в нём нечестия». Это нечестие и есть зло: «Злыми и пагубными являются те поступки, которые исходят из нечестия, и... ни в чём другом... нельзя полагать зло». В соответствии с учением, которое разрабатывал Оригеном о конечном всеобщем восстановлении творения в Боге и в благе (апокатастасис), действие зла и страданий конечно во времени и ограничивается Божьим Судом. Епископ Патарский Мефодий (III–IV вв.) отмечал, что зло не есть сущность, но является результатом произвольного действия, сообщающего деятелю собственную ущербность. Поэтому зло есть не следствие творения, но свойство уже сотворённого мира, возникающее в нём в определённый момент. Александрийский епископ Афанасий I Великий (IV в.) излагал учение о зле в контексте полемики со взглядами гностиков и других еретиков, которые субстантивировали зло, считая, «что оно существует ипостасно и самостоятельно».