Характерная черта этого периода – широкое использование знаков афона, которые, согласно трактатам, ставятся «не для того, чтобы (по ним) пели, но для нужд хирономии»; они не являются интервальными знаками, но обозначают движения руки, управляющей пением хора. Многие афона – те же, что использовались в средневизантийской нотации; как и другие знаки, созданные в этот период, все они писались чёрным цветом. Они служили для обозначения ритма и для группировки знаков на первом слоге, одновременно обозначая и краткие длительности. Новым в поздневизантийской нотации было увеличение числа тех же самых знаков и «возвращение» в существующий музыкальный текст древних «стенографических» символов, выписанных киноварью, главным образом, из шартрской нотации. Несмотря на встречающиеся в трактатах утверждения, что эти дополнительные знаки «ставятся только для хирономии», их роль для исследователей не всегда ясна. Согласно современным исследованиям, различаются следующие их функции: а) более ясное обозначение мелодического оборота с помощью группирующего киноварного знака в тех случаях, когда в средневизантийской нотации не требовалось ставить один из знаков афона; формы таких знаков могли либо повторять движение руки в пространстве (например, лигизма, антикенокилизма), либо служить только напоминанием о формуле и давать ей название (например, эпегерма, тес ке апотес); б) небольшое украшение или перераспределение малых длительностей на микроритмическом уровне в мелосе формулы без изменения общей длительности звучания слога (например, киноварная клазма над петасти, киноварная пиазма над оксиа с клазмой и т.д.). Исследователи предполагают также, что афона ставились над интервальными знаками гораздо чаще, чем это было необходимо. Возрастающее, а иногда и чрезмерное количество киноварных знаков в нотации они объясняют существовавшей в то время потребностью в более систематическом обучении из-за относительного упадка музыкальной практики и желания улучшить её или же творческой потребностью в более тонких средствах выражения. И в том и в другом случае подобная задача могла быть предпринята и выполнена только такими дидаскалами, как Иоанн Кукузель и его современники. С началом исследований византийского церковного пения делались попытки расшифровки его нотации, в особенности полностью диастематической и аналитической средневизантийской нотации. Наиболее влиятельным на Западе был метод транскрипции, предложенный учёными – участниками проекта «Памятники византийской музыки», главным образом, после 1930 г. На основе этого метода в серии «Transcripta» был издан ряд томов расшифровок. Эти транскрипции характеризуются чисто диатонической формой интервалов, в одних случаях слишком ограниченным, в других – излишне частым использованием случайных знаков, а также отсутствием специфического ритма мелоса, по мнению исследователей, даже отсутствием определённой единицы длительности, поскольку клазма была передана как добавление полвины краткой единицы длительности (что, по мнению исследователей, невозможно осуществить на практике), а мелос в целом был осмыслен как имеющий «свободный речевой ритм», наподобие современного исполнения григорианского пения монахами аббатства Солем. Другие ритмические интерпретации (Э. Яммерса и Я. ван Бизена) не получили официального признания «Памятников византийской музыки» и были либо почти полностью отвергнуты западными учёными, либо сочтены недостаточно обоснованными.