Благодаря этой записи дальнейшее развитие получила и сама нотация. Запись новых, калофонических формул потребовала использования и новых комбинаций традиционных знаков (не изменивших, однако, своих значений). Для дидактических целей появились перечни этих формул и учебное песнопение («Большой исон») Иоанна Кукузеля, которому, как полагают исследователи, принадлежит если не первая фиксация калофонического пения, то составление Аколуфий. Характерной чертой развития нотации было постепенное возвращение многих ранневизантийских «стенографических» знаков, создание новых знаков или их новых комбинаций, но не в первоначальном «стографическом» значении, а в качестве «дополнительных» знаков, которые с этого времени писались киноварью под или (реже) над строкой нотации более древнего образца. Эта чёрно-киноварная нотация, с тех пор ставшая стандартной, исследователи называют «поздневизантийской». Система средневизантийской и поздневизантийской нотаций представлена в многочисленных трактатах XV–XVII вв. (учебные упражнения и «Большой исон» Иоанна Кукузеля встречаются с XIV в.); её объяснение включалось в начало Аколуфий или содержалось в отдельных манускриптах. Наиболее известными рукописями с этой нотацией являются: Мессинское Пападики (XV–XVI вв.), Хрисанфов кодекс (XV в.), кодексы XVI в. и XVII в. и кодекс XV в. Согласно этим трактатам, знаки могут быть классифицированы по следующим группам: эмфона (озвученные) или фонэ (звуки, голоса), аргии (покощиеся) и афона. Из описаний, помещённых в трактатах, исследователи делают заключение, что эмфона – это интервальные знаки, точно обозначающие движение голоса, аргии – ритмические знаки, а афона – знаки, которые «не должны петься», но являются «большими знаками» или «большими ипостасями», играющими вспомогательную роль (группировка эмфона и аргий, обычно на одном слоге; краткое обозначение формулы, используемой в хирономии; знаки, применяемые для исполнения или для украшения песнопения и др.). Существуют также классы мартирий (сигнатур для обозначения гласа) и фтор (знаков модуляции). В средневизантийской нотации использовались те же эмфона, что и в ранневизантийской, но они получили точное интервальное значение. Исон, обозначающий повторение звука, помещён среди афона, поскольку повторение звука не считалось интервалом. Форма исона – крюкообразная, как и в куаленской нотации. Апостроф, обозначающий нисходящее движение или (иногда) повтор и в целом имеющий множество функций в ранневизантийской нотации, здесь приобретает точное значение – движение на одну ступень вниз. Противоположное движение (на одну ступень вверх) обозначается с помощью шести различных знаков, использовавшихся и раньше, но в этот период приобретших точное значение: олигон (куаленский), оксиа, петасти, куфизма, пеластон и кендимы (последний знак сохранил прежнее значение). Олигон, оксиа, петасти, куфизма, пеластон и апостроф стали собирательно называться «сомата» (букв. – тела). Для других восходящих и нисходящих движений точное значение было закреплено за «граммата» (буквы), первоначально изобретёнными в шартрской нотации и впоследствии включёнными в куаленскую: псили (высокая) и хамили (низкая) получили точное значение – четыре ступени вверх и вниз соответственно, элафрон – две ступени вниз, а одиночный знак кендимы, использовавшийся в куаленской нотации с неясным значением «довольно повыше», – две ступени вверх.