В середине XVIII в. ватопедский скит св. Димитрия стал одним из центров движения колливадов, выступающих против поминовения усопших в воскресные и праздничные дни. В 1756 г. в нём поселился Дионисий из Сьятисты, немного позднее там нашёл прибежище монах Иерофей и его ученики. Составленный в Ватопеде в 1759 г. устав этого скита косвенно свидетельствует, что монастырь благосклонно относился к проживанию там гонимых колливадов. С начала XIX в. число братии снова увеличилось: по переписи 1808 г., в Ватопеде проживало 234 монаха, а незадолго до восстания 1821 г., согласно болгарской хронике, составленной монахами Никифором и Иерофеем, – 400 монахов в Ватопеде и 60 – в скиту св. Димитрия. В начале XIX в. Ватопед переживал период процветания благодаря значительным доходам, получаемым от своих владений. В 1808 г. был приобретён небольшой монастырь св. Георгия в Вулгаро на о-ве Тасос, а в 1815 г. – храм св. Андрея в Арте. В январе 1821 г. братия Ватопеда приняла решение вернуться к общежительному устройству монастыря. Однако это не удалось осуществить из-за трагических событий, связанных с поражением национально-освободительного движения 1820 гг. в Северной Греции. Во время Греческого восстания (1821 г.) часть афонских монахов присоединились к македонскому повстанческому отряду Эммануила Папаса, а ватопедская пристань на о-ве Амулиани служила главной гаванью для кораблей восставших. Афон был оккупирован турецкой армией, на монастыри наложена огромная контрибуция (3300 пунгия = 1750 тыс. грошей), вдвое увеличен прежний налог, а святогорские игумены отправлены в Константинополь в качестве заложников (важную роль в событиях тех лет на Афоне сыграл ватопедский архимандрит и врач Косма). Турецкие гарнизоны оставались в афонских монастырях до 1830 г., и это время стало для Святой Горы настоящим бедствием: захватчики пытали и убивали монахов, грабили монастыри и храмы. Многие обители опустели, сократилась численность монахов. Огромные убытки понесли владения Ватопеда в Халкидике, были утрачены ватопедские подворья Богородицы Одигитрии в Серрах и св. Феодоров в Порто-Лагос, владения на Лемносе (в Мудросе и Кодзиносе), монастырь в Белграде и др. Были проданы многие реликвии из ризницы Ватопеда, на десятилетие замерло строительство. Отправленный в 1822 г. на Крит ватопедский инок Дионисий отказался отречься от православной веры и был замучен турками. Ватопедский эконом Иоаким (прозванный Папулакисом) был послан в 1821 г. к восставшим на Пелопоннес, остался на освобождённой части Греции и затем долгие годы подвизался на о-ве Итака. После периода оккупации монастырь быстро возродился. По словам историка и филолога-слависта Виктора Ивановича Григоровича (1815–1876 гг.), посетившего Ватопед в 1844 г., «в настоящее время этот идиоритм превосходит своими доходами все прочие и почитается прибежищем зажиточных монахов. Он менее прочих пострадал во время греческой войны, следствием которой было запустение Святыя Горы». В 1837 г. в Ватопеде подвизалось свыше 300 монахов (по свидетельству английского дипломата Р. Керзона), затем число насельников значительно возросло за счёт заселения ватопедской кельи Серай русскими монахами (1841 г.); в 1849 г. келья была преобразована в скит. Согласно официальной переписи 1885 г., в Ватопеде проживало 214 монахов и 30 послушников, в скиту св. Димитрия – 38 монахов и 3 послушника, в кельях – 54 монаха и 10 послушников, а в Андреевском скиту – 150 русских монахов и 18 послушников. В 1903 г. общее число монахов составило 966 человек, из которых 369 человек – греки, 570 – русские. Русскими монахами были заселены приписанные к Ватопеду молдавские кельи мч. Марина (в 1875 г.), св. Иоанна Предтечи (в 1894 г.) и Живоносного Источника (в 1906 г.). Во второй половине XIX в. состояние монастыря оставалось благополучным, несмотря на экономические проблемы, связанные с отчуждением владений. В 1863 г. румынским правительством были конфискованы все подворья Ватопеда в Молдове, а спустя десятилетие греческие монахи были удалены из Бессарабии, входившей в состав России, что вызвало острое недовольство и осложнение отношений с русскими монахами на Афоне. Однако русское правительство, взявшее на себя управление этими подворьями, продолжало до начала Первой мировой войны выплачивать Ватопеду 2/5 от доходов этих владений; в 1858 г. было конфисковано подворье монастыря в Афинах. Новые земельные владения в тот период практически не приобретались. Исключением являлась покупка в 1905 г. большого подворья Суфлари в Каламарии (пригород Фессалоники).