Икона Божьей Матери Элеовритисса (т.е. Елееточивая) находится в монастырской кладовой (дохиарной), поэтому икону также называют «Дохиарисса». Она принадлежит к типу «Одигитрия» и датируется XIV в. Говорят, что однажды, когда нехватка масла в монастыре была настолько велика, что недоставало даже на нужды церкви, игумен, уповая на помощь Богородицы, послал дохиара (келаря) за последним сосудом, чтобы дать масло в пищу братии, но тот пребывал в смущении, т.к. хотел оставить это масло для лампад. Придя в кладовую, он обнаружил сосуд, наполненный маслом, которое переливалось через край и уже достигло двери. Икона Божьей Матери Пироволифиса (т.е. Простреленная) изображена в нише, над вратами. Согласно легенде, когда в апреле 1822 г. в монастырь вступил турецкий гарнизон, один из воинов по имени Хусейн выстрелил в икону, и пуля попала в правую руку Богородицы. После этого он лишился рассудка и повесился на одной из олив перед входом в монастырь. Турки, бывшие свидетелями самоубийства, увидели в этом Божье наказание и оставили его непогребённым как злодея. Икона Божией Матери Пантанасса (т.е. Всецарица) была написана в XVII в. Её принесли из Нового Скита, теперь она находится на левом проскинитарии в соборном храме (икона прославилась многочисленными исцелениями больных раковыми заболеваниями). Ватопед обладает огромным количеством мощей. Наиболее известные реликвии: Крест императора Константина (дар деспота Андроника II Палеолога), крест-реликварий с частицей Животворящего Древа Господня и мощами святых – вклад сербских вельмож, братьев Стефана и Лазаря Мусичей (около 1380 г.), Трость от Страстей Господних и часть Честного Пояса Пресвятой Богородицы, подаренная сербским князем Лазарем Хребляновичем (на этом Поясе освящаются пояски и раздаются в благословение паломникам; они обладают целительной силой избавлять от бесплодия). В обители хранятся перст Иоанна Предтечи, десница апостола Андрея, стопа апостола Варфоломея, честные главы святителей Григория Богослова и Иоанна Златоуста, великомучеников Меркурия и Иакова Персянина, а также частицы глав первомученика Стефана, святителя Модеста, мученицы Пелагии девы, преподобномученицы Феодосии Константинопольской, священномученика Харалампия, мучеников Сергия и Вакха, великомученика Феодора Стратилата, мученика Флора, мученика Арефы и др. В Ватопеде также находятся частицы мощей преподобной Макрины, великомученика Пантелеимона, мученика Трифона, великомученика Прокопия, преподобномученицы Параскевы Римляныни, великомученика Феодора Тирона, священномученика Ермолая, великомученицы Екатерины и многих других. Из мощей ватопедских святых хранятся честные главы основателей монастыря Николая, Афанасия, Антония, новоявленного чудотворца Евдокима, преподобных Агапия, Никодима и Иоакима Папулакиса. Монастырский комплекс сложился в византийский период, впоследствии многократно перестраивался и достиг современных масштабов в XVIII–XIX вв. До настоящего времени не предпринималось систематического археологического исследования его построек, поэтому точно установить время различных этапов строительства монастыря исследователям трудно. К византийской эпохе они относят стены и башни, кафоликон (соборный храм), колокольня, церковь св. Бессребреников (Анаргиров); к раннему поствизантийскому периоду – экзонартекс (внешний притвор) кафоликона, братские корпуса вдоль северной стены, ризницу, башню Пресвятой Богородицы; древнейшей считается северная часть комплекса. Первоначально монастырь занимал территорию меньше той, что принадлежит ему в настоящее время. На это исследователям указывают тип и размер двух промежуточных башен на юго-востоке, которые отличаются от построек на южной стороне, а также ярко выраженное на южной стороне отклонение плана монастыря от формы параллелограмма, привычной для афонских монастырей (например, для плана Великой Лавры), построенных в византийский период.