Среди реликвий Ватопеда известны несколько крестов, содержащих частицу Честного Древа Господня. Отвезённый в Москву крест по своим размерам (30х18 см) отличался от находящегося теперь в Ватопеде Креста императора Константина (106х57 см), который является вкладом деспота Андроника II Палеолога. На протяжении первой половины XVIII в. численность насельников монастыря значительно сократилась. По сообщению иеромонаха Ипполита (Вишенского), посетившего Ватопед в 1709 г., там проживало 150 монахов; в 1744 г. путешественник, писатель и публицист Василий Григорьевич Григорович-Барский (1701–1747 гг.) застал в нём только 60 монахов, а сама «обитель тогда под долгом обреташася немалым». Тяжёлые экономические последствия имели случайные убийства османских сановников на территории монастыря в 1745 и 1761 гг. На Афоне в 1764 г. помимо других податей впервые был введён подушный налог (харадж) в 7500 пиастров ежегодно. Около 1740 г. система управления монастыря изменилась и стала более коллегиальной. Административная власть перешла к эпитропии из трёх человек (скевофилакса и двух проигуменов), избираемых пожизненно (они вместе принимали важнейшие решения и занимались хозяйственными вопросами). При Ватопеде в 1748–1749 гг. была организована духовная школа – Афонская академия (Афониада). Среди её первых преподавателей были Неофит Кавсокаливит, Евгений (Булгарис), Афанасий Паросский, а среди учеников (воспитанников) – равноапостольский Косма Этолийский (1714–1779 гг.), деятель греческого просвещения. За счёт дарений увеличились земельные владения Ватопеда в Элладе и на островах Эгейского моря. Прихожане храма св. Димитрия Нового в Афинах в 1758 г. передали Ватопеду параклис св. Кириакии, в 1761 г. митрополит Месемврийский Анфим – небольшой монастырь св. Николая в своей епархии, в 1789 г. старосты из Афусии в Пропонтиде – полуразрушенный монастырь св. Георгия (или Иоанна Предтечи). Ватопедские монахи в 1757 г. основали подворье в Магуле, вблизи Арты, в 1772 г. – на о-ве Самос, где построили храм в честь Благовещения, в конце XVIII в. приобрели участок близ Каламаты (п-ов Пелопоннес). К значительным придунайским владениям Ватопеда прибавились новые: монастыри Пречиста в Фокшани, завещанный воеводой Николаем Маврокордатом (1709–1715 гг.), и Рэкитоаса, подаренный Иордакисом Кантакузином и Феодором Паладисом (1729 г.), а также скиты Провица (до 1704 г.), Крайница, близ Текуча (1756 г.), и Фэтэчуни (1784 г.). Генеральный эпитроп придунайских метохов с 1768 г. рукополагался с титулом митрополита Иринопольского и Ватопедского. От Иринопольского митрополита Софрония значительную денежную помощь получили школа Афониада (1784 г.) и Ватопед (1786 г.). В 1735 г., согласно установленным в России императрицей Анной Иоанновной (1730–1740 гг.) «палестинским штатам», подтверждённым в 1742 г., Ватопеду полагалась выплата «на каждый год по 100 рублев, а на 5 лет 500 рублев». Эта сумма во много раз превосходила пожертвования на другие афонские монастыри (например, Великой Лавре полагалась выплата по 35 руб. в год). В XVIII в. многие строительные и реставрационные работы были произведены по инициативе двух одноимённых ватопедских скевофилаксов: Филофея с о-ва Парос (перестройка башни св. Онуфрия, гостиницы (1708 г.) и др.) и Филофея из Мудании в Малой Азии – сооружение грандиозной трапезной (1785 г.), фонтана с питьевой водой, параклиса апостола Андрея (1788 г.). На средства Константинопольского патриарха Киприана (1708–1710 гг.) и Александрийского патриарха Герасима II (1689–1710 гг.), ушедших на покой и поселившихся в Ватопеде, был отремонтирован монастырский комплекс и построены новые здания. В «Проскинитарии» Иоанна Комнена (1701 г.) говорится, что «Ватопед в своих башнях держит великия и дивныя пушки». В 1766 г. Константинопольским патриархом Серафимом II (1757–1761 гг.), жившим на покое на Афоне, на месте кельи св. Антония была основана келья Серай с церковью апостола Андрея (впоследствии – Андреевский скит). В 1788–1798 гг. в северо-западном углу монастыря построен и расписан параклис во имя апостола Андрея (на средства Герасима, митрополита Драмы, прежде ватопедского инока), а в 1794 г. – параклис в честь Пояса Пресвятой Богородицы (Феофилом Созополитом).