В наосе представлены остальные двунадесятые праздники, сцены жизни Христа («Христос беседует с самарянкой», «Исцеление слепого», «Христос благословляет отрока»), Его страдания («Предательство Иуды», «Шествие на Голгофу», «Распятие», «Снятие с креста», «Оплакивание Христа»), Его явления после Воскресения («Христос в Эммаусе», «Мир вам», «Уверение Фомы», «Христос на море Тивериадском»), две сцены из цикла жизни Богородицы («Рождество», «Введение во храм») и две композиции прообразовательного характера, также посвящённые Богородице («Три отрока в пещи огненной», «Свыше пророцы Тя предвозвестиша»). Отдельные святые расположены в первом ярусе на стенах и на столпах (Косма, Дамиан, Пантелеимон, Ермолай, Сампсон, Кир, Иоанн, Фотий, Аникита, Фалалей), мученики (преимущественно в медальонах), св. воины в рост (Нестор, Прокопий, Артемий, Меркурий, Феодор Тирон и Феодор Стратилат, Димитрий и Георгий), преподобные (Мария Египетская, Савва и Евфимий). На восточной стене притвора – изображения ктитора с сербскими святыми, пророков, композиция «Благовещение Пресвятой Богородицы», святые Димитрий и Георгий, а также обширный житийный цикл врачей-бессребреников Космы и Дамиана (иконография росписи в целом относится к позднепалеологовскому искусству). Привлекают внимание исследователей редкие композиции («Свыше пророцы Тя предвозвестиша») и изображения (один из ранних образов святителя Григория Паламы с надписью: «Преосвященный архиепископ Фессалоникийский Григорий и новый Златоустый, чудотворец»). Судя только по расчищенным образам (архангелы Михаил и Гавриил около Богородицы в апсиде, Григорий Палама в диаконнике, Симеон Богоприимец и св. воины в наосе), они полагают, что здесь работали талантливые живописцы (изящные фигуры святых, их миловидные лики, нежные краски и иногда свободные штрихи пронизаны лиризмом и по праву принадлежат к лучшим образцам поздневизантийской живописи). Большинство параклисов и некоторые части кафоликона было расписано в монастыре в течение двух веков: в XVI в. – фрески параклиса свт. Николая (не сохранились), в XVII в. – крестильни, в 1652 г. заново расписали апсиду и южную алтарную стену соборного храма (образ Богородицы, «Причащение апостолов», отдельные фигуры святителей, сцены Богородичного цикла). Храм Богородицы Парамифии расписан в 1677/1678 г., как полагают, критским художником. Поскольку здесь хранилась монастырская святыня – чудотворная икона Богородицы, особое место в живописной декорации было уделено Богоматери: на северной стене, напротив композиции «Страшный Суд», Она изображена на престоле в окружении архангелов, пророков, святых, среди которых (внизу) преподобный Иоанн Дамаскин. Пять лет спустя другой анонимный художник расписал параклис великомученика Мины на кладбище, но его фрески сильно пострадали, особенно в пожаре 1945 г. Памятники искусства XVIII в. отражают жизнь монастыря в этот период. В 1704 г. была расписана восточная стена экзонартекса кафоликона: на большей части фресок представлен «Акафист Богородицы», «Страшный Суд», ряд изображений св. воинов и монахов. Храм великомученика Димитрия расписан в 1721 г. живописцем Космой с о-ва Лемнос. Его живопись представляет собой возвращение к образцам палеологовского искусства раннего XIV в., программа росписи восходит к древней традиции: в куполе «Христос Пантократор» с небесными силами, под ними пророки, на парусах евангелисты, в алтаре «Богородица Пантанасса» («Всецарица»), «Причащение апостолов», «Службы св. отцов», на своде – «Вознесение Христово», в наосе – минологий. Анонимному живописцу принадлежит роспись 1739 г. в главном куполе соборного храма с изображениями Христа Пантократора, Небесной литургии, пророками и с евангелистами на парусах. Около 1760 г. были расписаны внутренний притвор и этаж над ним (катихумены), в 1780 г. – храм святителя Николая, в котором среди сонма святых изображён и сербский князь Иоанн Владимир. В трапезной в 1786 г. работал известный художник-монах Макарий. Своей обширной программой росписи трапезная Ватопеда схожа с другими афонскими трапезными: в апсиде изображена Богородица на престоле с Младенцем Христом в окружении пророков из Древа Иессеева, ниже, в первом ярусе, – святители, в центре которых святые Иоанн Златоуст и Савва Сербский; на стенах – композиции «Гостеприимство Авраама», «Тайная вечеря» и «Христос благословляет пять хлебов», преподобные (в том числе афонские), ватопедские святые (Геннадий и Никодим), изображения кончины мучеников (в том числе «Успение прп. Ефрема Сирина»).