В наосе находятся многочисленные образы святых: мученики (40 Севастийских – погрудные изображения каждого святого отдельно); Акиндин и с ним пострадавшие Пигасий, Анемподист, Аффоний, Елпидифор, мученики Персидские; Евстратий и с ним пострадавшие Орест, Евгений, Авксентий, Мардарий, мученики Севастийские; Сергий, Вакх, Полиевкт, Кирик и др.; св. воины (Феодор Тирон, Феодор Стратилат, Георгий Победоносец, Димитрий Солунский, Лупп Фессалоникийский, Нестор Фессалоникийский, Меркурий Кесарийский, Арефа Негранский, Артемий Антиохийский и др.); св. врачи (Пантелеимон, Косма и Дамиан); святители (Климент, Антипа, Амфилохий, Парфений, Поликарп, Иерофей, Спиридон, Елевферий, Киприан, Модест и др.); равноапостольные Константин и Елена, пророки Иоиль, Захария и Даниил в львином рву. Рядом с иконостасом сохранился образ Богоматери с Младенцем. Живопись 1312 г. в притворе почти полностью переписана в 1760 г., в аркосолии, над саркофагом основателей Ватопеда, остались только изображения Иисуса Христа, св. Фоки и частично Богоматери (погрудно). Большой объём фресок XIV в. (в основном посвящённый жизни Христа) сохранился во внешнем притворе: «Тайная вечеря», «Умовение ног», «Поучение апостолов», «Моление о чаше», «Предательство Иуды», «Христос перед Анной и Каиафой», «Бичевание Христа», «Шествие на Голгофу», «Снятие с креста», «Оплакивание Христа», «Сошествие во ад», «Жёны-мироносицы и Богородица у гроба», «Уверение Фомы» и «Явление Христа апостолам». На западной стене (над центральным входом) помещена композиция «Спас Недрёманное око» – одно из древнейших изображений Иисуса Христа в византийском искусстве; возле него пророки Иезекииль, Захария, Иеремия, Осия, Софония, Исаия и Аввакум. На северной стене – «Лествица св. Иоанна», на южной, около двери, ведущей в храм свт. Николая, – «Причащение Марии Египетской». На разных местах во внешнем притворе находятся отдельные изображения по пояс и в рост преподобных (Саввы, Антония, Евфимия и др.), св. воинов (Арефы, Артемия), мучеников (Георгия, Димитрия, Прокопия) и врачей-бессребреников (Космы и Дамиана). Роспись в кафоликоне составляет хронологически единое целое (кроме росписей купола – 1739 г., апсиды – 1652 г., большей части притвора – 1760 г., частично внешнего притвора – 1819 г.), но выполнена живописцами различных направлений и отличается по художественному уровню. Некоторые из мастеров (вероятно фессалоникийского происхождения) писали в стиле византийского классицизма раннего XIV в. Большая часть фресок во внешнем притворе («Тайная вечеря», «Умовение ног», «Моление о чаше» и др.) принадлежит мастеру, работавшему в традициях классицизма XIII в. (композиции отличаются динамизмом, сюжеты развернуты на богатом архитектурном фоне, фигуры святых изображены в свободных ракурсах, колорит письма тёплый и свежий). В сценах, написанных живописцами, работавшими в наосе («Великие праздники», «Богородичный цикл», отдельные святые), преобладают многофигурные композиции, колорит более холодный, пропорции фигур удлинённые. Исследователи отмечают, что некоторые фрески наоса («Рождество», «Воскрешение Лазаря», святые в медальонах) по стилю схожи с произведениями фессалоникийских живописцев Михаила и Евтихия, а готические черты, переработанные в византийской ранней палеологовской манере, характерны для композиций в наосе «Успение Пресвятой Богородицы» и «Тайная вечеря» и во внешнем притворе – «Оплакивание Христа», «Снятие с креста», «Уверение Фомы», «Причащение Марии Египетской» (эти изображения отличаются выразительными ликами, энергичными жестами, в драпировке преобладают линейные складки). Портрет основателя церкви св. Бессребреников сербского деспота Иоанна Углеши с моделью храма в руках (рядом сербские святые Симеон и Савва) сохранился в притворе на слое XIX в., что даёт исследователям возможность определить время первоначальной росписи этой церкви, осуществленной до смерти её ктитора в 1371 г. (как показали недавние реставрационные работы, запись 1847 г. (кроме «Богородицы с Младенцем Христом в руках» возле иконостаса) в целом повторяет фрески XIV в.). Таким образом, исследователи могут восстановить первоначальную программу стенной живописи. В конхе апсиды – «Богородица на престоле с Младенцем Христом», по сторонам – ангелы, «Служба св. отцов», на стенах апсиды – «Причащение апостолов», «Рождество Христово» и «Сошествие во ад».