В июле 2002 г. архимандрит Ефрем посетил Москву, Троице-Сергиеву лавру, Санкт-Петербург, Псково-Печерский монастырь и Валаам. В дар Валаамской обители он привёз другой список иконы Божьей Матери «Всецарица» и частицу мощей чтимого подвижника, старца Иосифа Исихаста. В 2003 г. по просьбе митрополита Одесского и Измаильского Агафангела в Ватопеде был специально сделан список иконы «Всецарица» для воздвигаемого в Одессе храма в честь этой иконы. В сентябре 2003 г. он был торжественно перенесён в Одессу, откуда с ним были совершены крестные ходы в Киев и другие города Украины. В 2004 г. состоялся визит в Россию ватопедского игумена Ефрема. В Москву был привезён список чудотворного образа Божьей Матери «Отрада» или  «Утешение» для храма при Боткинской больнице, посвящённого этой иконе. В Ватопеде находятся также чудотворные иконы Божьей Матери Виматарисса, Парамифия, Эсфагмени, Антифонитрия, Элеовритисса, Пироволифиса и Пантанасса; все они связаны с той или иной легендой. Икона Божьей Матери Виматарисса (т.е. Алтарница или Ктиторская) названа так по месту её нахождения на синфроне (горнее седалище) в виме (алтаре) соборного храма. По преданию, во время нападения на монастырь арабов в Х в. один из монахов по имени Савва спрятал икону вместе с Крестом императора Константина в колодце, который находился под помостом алтаря, и оставил рядом горящую свечу. Инок был схвачен и продан в рабство на Крит. В Ватопед он смог вернуться только через 70 лет. Он поведал игумену монастыря Николаю о месте, где была спрятана икона. Плиту алтарного помоста подняли и увидели святыню в колодце невредимой, а оставленная иноком свеча оставалась горящей. С тех пор в память обретения иконы ватопедские монахи каждый понедельник за вечерней служат молебен иконе Божьей Матери, а во вторник – торжественную литургию (празднование ей совершается 21 января). По другим преданиям, эта икона была обнаружена на месте спасения отрока – в купине (терновом кусте). «Повесть о Ватопедском монастыре», содержащая сказание об иконе, стала известна на Руси не позднее второй половины XV в. (т.к. вошла в состав одного из сборников книгописца Евфросина) и получила широкое распространение в нескольких редакциях. Икона Божьей Матери Парамифия (согласно славянской традиции – «Отрада» или «Утешение», дословно означает «Увещание») датируется XIV в., находится в параклисе, названном в её честь. Прежде она висела в экзонартексе. Говорят, что однажды игумен, передавая ключи привратнику, услышал от иконы голос, предупреждавший, чтобы иноки не отворяли ворота, а поднялись бы на стены и отразили нападение пиратов; затем предупреждение прозвучало во второй раз. Когда игумен повернулся к иконе, он увидел, что Младенец простёр руку, чтобы заградить уста Богоматери, но она, удерживая его руку, в третий раз повторила предупреждение. Монахи поднялись на стены монастыря и отразили нападение морских разбойников, которые уже окружили монастырь. После этого чуда изображение на иконе изменилось: лик Божьей Матери повернут вправо, и Она отклоняет от своих уст руку Младенца (празднование иконе совершается 21 января). Икона Божьей Матери Эсфагмени (т.е. Закланная; XIV в.) находится в параклисе великомученика Димитрия. Согласно преданию, её пронзил ножом один из монахов, которого трапезарий оставил без ужина. Из раны хлынула кровь, а монах ослеп и был разбит параличом. Через три года он получил исцеление от иконы и всю оставшуюся жизнь оплакивал свой грех. Когда через несколько лет после погребения его могилу вскрыли, то увидели, что тело инока истлело, а рука, пронзившая икону, оставалась целой и чёрной (в назидание она до сих пор хранится в соборном храме). Икона Божьей Матери Антифонитрия (т.е. Предвозвестительница) находится в переходе между параклисом великомученика Димитрия и месониктиконом соборного храма. Иногда эту икону именуют также «Живоприятная». С ней связано следующее монастырское предание. Когда Афон посетила дочь императора Феодосия I Великого Плацидия, она хотела войти в собор через небольшую боковую дверь, но открыв дверь, услышала голос от иконы: «Стой, не иди далее: здесь нет места двум царицам». Устрашившись, Плацидия покинула монастырь и велела построить на этом месте на свои средства параклис во имя великомученика Димитрия.