В июне 1963 г., во время празднования тысячелетия Святой Горы, Ватопед посетили Константинопольский патриарх Афинагор I (1948–1972 гг.), король Греции Павел I (1947 – 1964 гг.), представители других православных церквей (в том числе делегация Русской православной церкви). Глава русской делегации митрополит Никодим (Ротов) совершил в Андреевском скиту вечернее богослужение. После этого юбилея началось возвращение многих монастырей к общежительному устройству (в 1960 г. особножительными оставались девять афонских монастырей; с 1992 г. все монастыри являются общежительными). Возрождение монастыря началось под руководством старца Иосифа Спилеота (Пещерника), ученика афонского старца Иосифа Исихата (Молчальника; ум. в 1959 г.). Братство Благовещенской кельи Нового Скита, старцем которой являлся Иосиф Спилеот, в 1987 г. переселилось в Ватопед. Монастырь находился в упадке, его малочисленная братия (в основном преклонного возраста) жила по правилам идиоритмии, не имея ни ежедневного общего богослужения, ни общей трапезы. В 1989–1990 гг. было принято решение о преобразовании монастыря в общежительный, что повлекло за собой существенные изменения в монастырской жизни. Ученик старца Иосифа Спилеота иеромонах Ефрем был единогласно избран игуменом (интронизация 29 апреля 1990 г.). В монастыре были начаты восстановительные и реставрационные работы. Старец Иосиф Спилеот является автором 14 книг по православной аскетике, одна из них (жизнеописание Иосифа Исихаста) переведена на русский язык. За несколько лет Ватопед превратился в один из самых многочисленных по количеству иноков афонских монастырей (около 90 человек вместе с послушниками). Половину братии составляют греки-киприоты, значительное число – элладские греки. Хор Ватопеда считается одним из лучших на Афоне. Обновленный монастырь является притягательным духовным центром для христиан других вероисповеданий. В последние годы эту обитель неоднократно посещал наследник британского престола принц Чарлз. В мае 2003 г. он участвовал в открытии церкви преподобного Евдокима Новоявленного, отреставрированной на средства общества «Друзья горы Афон», одним из спонсоров которого является принц. В 2003 г. началось возрождение деятельности ватопедского подворья в Порто-Лагосе. Значительным вкладом в изучение истории монастыря стал выход в свет 2-томного издания, посвящённого Ватопеду. Монастырь принял активное участие в выставке «Сокровища Святой Горы», проходившей в Фессалонике в 1997 г. (50 древнейших экспонатов из общего числа 597). В 1993 г. с избранием игуменом кипрского монастыря Махерас ватопедского инока Афанасия эта обитель была преобразована в киновию по подобию Ватопеда. По инициативе игумена Афанасия (ныне митрополит Лимасольский) с Афона был привезён список чудотворной ватопедской иконы Божьей Матери Парамифия («Отрада» или «Утешение»). Из Нового Скита старцем Иосифом была принесена чудотворная икона Божьей Матери Пантанасса («Всецарица»). Считается, что она имеет благодать исцеления от раковых заболеваний, а слава о ней распространилась по всей Греции. По благословению ватопедского игумена Ефрема в 1995 г. в Москву с Афона по просьбе «Общины милосердия Иоанна Кронштадтского» при детском Онкологическом центре был принесён список иконы Божьей Матери «Всецарица». Говорят, что в Москве от иконы произошли исцеления, что она стала мироточить. Чудотворный образ был передан в храм Всех святых, что в Красном селе. Перед иконой служатся молебны, во время которых освящается елей для исцелений недугов. Первый перевод Акафиста Божьей Матери «Всецарица» был выполнен в 1995 г. по благословению Ватопеда для Общины милосердия часовни «Всецарица» при детском отделении Онкологического центра. Чудотворный образ регулярно приносят в центр, где служатся молебны. В июле 1997 г. в связи с прославлением Максима Грека состоялся визит в Россию ватопедского архимандрита Ефрема. Привезённый им список чудотворной иконы «Всецарица» был передан в Новоспасский монастырь. Ответный дар Русской православной церкви – ковчег с частицей мощей Максима Грека – святого, соединившего историю Ватопеда с историей России (в монастыре в его честь был освящён параклис, где в будние дни часто совершается литургия).