Древнейшие входные ворота Ватопеда располагались на западной стороне башни Иоанна Предтечи; в ранневизантийский период, после укрепления в её северной части нижнего этажа, был образован подъезд L-образной формы, которым пользовались до открытия в 1896 г. современного входа. В окрестностях Ватопеда находятся параклисы святителя Модеста, святителя Николая (на пристани), великомученика Трифона (в саду) и св. Апостолов (на кладбище), построенные в XIX в. Кафоликон, освящённый в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, расположен в северо-восточной части двора. Время его постройки (конец X – начало XI в.) исследователи определили по сохранившимся сведениям о существовании (или восстановлении) монастыря в 972–985 гг., по результатам исследования гробницы основателей монастыря, а также по особенностям архитектуры, характерным для средневизантийского периода. Во время проведения строительных работ выяснилось, что здание собора претерпевало изменения, вероятно, в средневизантийский период. Однако нижние секции сводов хор, органично соединённые со стенами наоса, свидетельствуют о возведении кафоликона как здания афонского типа по образцу соборного храма Великой Лавры: триконх, апсида и боковые конхи полукруглые внутри и трёхгранные снаружи, трёхчастный алтарь, центральная часть наоса квадратной формы; над наосом возвышается десятигранный купол, опирающийся на столпы. В некоторых местах, откуда в 1810 г. (в период реставрации) были сняты колонки, украшавшие перестроенный фиал, видна первоначальная кладка (чередование полос камня и углублённого кирпича), арки и купола выложены из кирпича целиком. Древняя мраморная алтарная преграда кафоликона была сооружена в то же время, что и здание храма. По мнению исследователей, по сюжету и технике её орнамент характерен для скульптуры Константинополя и Малой Азии (например, такие же пальметты встречаются в декоре северной церкви монастыря Липса в Константинополе (908 г.) и является отражением художественного влияния византийской столицы эпохи «македонского Ренессанса»). Судя по форме древнего стилобата, исследователи полагают, что алтарная преграда занимала пространство между северной и южной стеной храма, прямо перед западной гранью стен алтаря, как и все преграды ранней постройки, возведённые начиная с эпохи императора Юстиниана I. В начале XIII в. преграда была увенчана деревянным эпистилием (в настоящее время находится в ризнице), между 1744 и 1788 гг. она была заменена резным иконостасом. На первоначальном месте сохранился лишь стилобат с двумя малыми колонками скирийского мрамора справа и слева от царских врат. Остатки преграды были использованы для украшения других сооружений монастыря, которые перестраивались или были возведены в конце XVIII – середине XIX в. Например, две части эпистилия (с арочным поясом, обрамляющим изображения пальметт типа аканфа – так называемый малоазийский орнамент) и плиты с кругами, крестами и розетками были перенесены на западный фасад храма в честь Пояса Пресвятой Богородицы, четыре колонки поддерживают купол этого храма. Два других фрагмента эпистилия украсили южный и восточный входы в трапезную, четыре плиты – портик внешнего притвора кафоликона (1842 г.). До настоящего времени в кафоликоне сохранился разноцветный пол (XI или начало XII в.). Одновременно с наосом на первом этаже кафоликона был построен прямоугольной формы нартекс, соединённый тремя дверями с наосом. У его южной стены, в аркосолии, помещена гробница основателей Ватопеда; над гробом сооружён каменный саркофаг, передняя сторона которого украшена рельефными аркадами, изображениями креста и деревьев. Над ним, на стене аркосолия, в начале XIV в. находился образ Богородицы Влахернитиссы. Второй этаж притвора состоит из трёх частей: средняя служила катехуменами (хоры), боковые впоследствии были превращены в два храма, над ними построены купола. В результате пристройки с западной стороны нартекса двухэтажного дополнительного помещения в кафоликоне появился внешний широкий нартекс (в афонской архитектуре называемый «лити́»), а нартекс более близкий к наосу и более узкий получил название «месониктикон».