Монастырские строения реконструировались после пожаров 1854 и 1882 гг. Построена новая большая больница (1859 г.), сооружены парадный въезд в монастырь (1858 г., на средства архимандрита Иоанникия Киприота) и величественное здание ватопедского представительства в Карее (1882 г.). В 1890 г. был построен новый акведук. Строительная деятельность конца XIX в. связана с именем эпитропа проигумена Хрисанфа из Имброса (сооружение в 1894–1895 гг. новых внутренних ворот, синодикона, кухни и пекарни, перестройка монастырских корпусов и гостиницы). Строительные работы велись также на подворьях. Так, были отстроены подворье на о-ве Амулиани храм (1865 г.), пристань (1876, 1902 гг.) и монастырские корпуса (к началу ХХ в.). В 1884 г. восстановлен принадлежащий Ватопеду монастырь св. Георгия в Афусии (Пропонтиде) и т.д. В 1840 г. ватопедскими монахами во время ремонта усыпальницы были обретены благоуханные мощи неизвестного инока с иконой в окостеневших руках. Пишут, что от мощей начались исцеления, и братия Ватопеда решила дать ему, с благословения Константинопольского патриарха Анфима IV (1840–1841 гг.), символическое имя Евдокима, т.е. «славный, прославленный» (с тех пор он чествуется на Афоне как преподобный Евдоким Новоявленный). В 1876–1881 гг. в Ватопеде подвизался знаменитый старец Даниил Катунакийский (ум. в 1929 г.). Ватопед играл большую роль в культурном развитии молодого Греческого государства. В монастыре ещё до 1870 гг. начала действовать школа, в 1885 г. она насчитывала 15 учеников (главным образом, молодых монахов). Ватопедский архимандрит Анания оказывал значительную денежную помощь Афинскому университету (1859, 1866 гг.), был инициатором и спонсором Ватопеда при создании Великой школы нации (1875 г.). Траянопольский епископ Иаков, генеральный эпитроп румынских подворий, пожертвовал на учебные заведения Греческого королевства две тыс. золотых номисм. В 1880 г. ватопедские монахи передали Священному Киноту 150 турецких лир для возобновления деятельности Афониады. С 1902 г. Ватопед стал оказывать ежегодную денежную помощь Богословской школе на о-ве Халки из средств, завещанных ватопедским архимандритом Ананией, а в 1903 г. выделил деньги на основание школы языков в Константинополе. В 1912 г. в результате освобождения Северной Греции Афон стал частью Греческого государства. Для приёма короля Греции Константина (1913 г.) ватопедскими монахами был изготовлен ковёр длиной 700 м (от пристани до соборного храма). В 1917 г. после пожара в Фессалонике Ватопед выделил на восстановление города сумму в 50 тыс. золотых франков; в том же году монастырь пожертвовал французскому Красному Кресту 20 тыс. драхм. Ватопед – единственный из афонских монастырей, перешедший в 1920 гг. на новый стиль. Посетивший в 1927 г. Афон русский писатель и переводчик Борис Константинович Зайцев (1881–1972 гг.) охарактеризовал Ватопед как «очень культурный и учёный монастырь», в котором «монахи считаются самыми образованными, более других изысканны и утончены», однако отметил чрезмерный комфорт (единственная тогда электрифицированная афонская обитель) и близость европейской цивилизации. В 1920 гг. принадлежащие монастырю земли в Халкидике уступлены беженцам из Малой Азии. К 1930 г. от обширных владений Ватопеда остались только незначительные подворья на о-ве Самос и близ Каламаты, а также лесной участок Агиос-Фокас близ Ормилии. В июне 1930 г. в стенах монастыря проходила работа Всеправославного собрания под председательством Ираклийского митрополита Филарета (Вафидиса). В 1931 г. в Ватопед с официальным визитом прибыл премьер-министр Греции Элефтериос Венизелос (1864–1936 гг.). Годы Второй мировой войны и последовавшие за ними десятилетия были временем упадка афонских монастырей. Если в 1912 г. в Ватопеде подвизалось 318 монахов (не считая насельников скита св. Андрея), а в 1928 г. число иноков достигло 485 человек (вместе со скитами), то затем их численность неуклонно сокращается: в 1961 г. – 127, в 1974 г. – до 70 человек (большинство из них жили в скитах и кельях). Во время пожара 1966 г. пострадала часть монастырских построек.