Принято считать, что первоначально южная стена проходила примерно посередине современного двора, между башнями Пресвятой Богородицы, Иоанна Златоуста и Иоанна Предтечи. Впоследствии (но тоже в византийский период) монастырский двор был расширен до башни Преображения Господня, первоначально находившейся на холме недалеко от монастыря (около 70 м) и служившей для обороны с южной стороны; были воздвигнуты новые стены, часть которых сохранилась до настоящего времени. В древнейших текстах, например, в сочинении «патриа» валашского господаря Нягое Басараба (1512–1521 гг.), исследователи обнаружили упоминания о треугольных очертаниях стен Ватопеда и его башни (их изображения сохранились на гравюрах). Состав и расположение зданий на территории древнейшей части монастыря – кафоликон на одном конце двора, трапезная в центре – совпадают с планировкой Великой Лавры. Согласно надписям на западном фасаде внешнего притвора кафоликона, древняя трапезная перестраивалась в 1319/1320 г. и была оснащена мраморными столами, которые в настоящее время можно видеть в современном здании (1785 г.), где они были установлены, вероятнее всего, на прежних местах. Длинная 2-этажная трапезная, с апсидой напротив входа и двумя конхами по сторонам, в передней части значительно расширена. К средневековому периоду исследователи относят небольшой трёхнефный параклис, освящённый во имя св. Бессребреников во второй половине XIV в., расположенный недалеко от башни Преображения Господня (его наружный вид был изменён в XIX в.). В 1427 г. близ кафоликона (вероятно, на фундаменте оборонительной башни древней южной стены) была построена колокольня. В первой четверти XVI в. на средства валашского господаря Нягое Басараба Ватопед был обновлён и укреплён, была перестроена башня Пресвятой Богородицы, возведены современные здание ризницы, житница и ряд других построек. В XVII в. появились жилые корпуса на северо-западе (центральная часть обновлена незадолго до 1644 г.) и юге монастырского двора, представляющие собой здания с аркадами и керамическими украшениями на фасадах. Большинство параклисов Ватопеда было построено в XVIII–XIX вв.: в честь Рождества Пресвятой Богородицы (начало XVIII в.), во имя апостола Андрея (1788 г.), великомученика Георгия (XVIII в.), Иоанна Предтечи (1813 г.), апостола Фомы (1815 г.), великомученика Пантелеимона (1857 г.), апостола Иоанна Богослова (около 1860 г.), Иоанна Златоуста (около 1860 г.), великомученика Мины (около 1865 г.), святых Феодора Тирона и Феодора Стратилата (около 1865 г.) и Трёх святителей (1885 г.). Параклисы на территории монастырского комплекса строились и как отдельно стоящие сооружения (например, параклис в честь Пояса Пресвятой Богородицы), и в составе других построек (19 параклисов). Так, архитектурный ансамбль кафоликона включает храмы во имя великомученика Димитрия, святителя Николая, Святой Троицы, св. Архангелов и Божьей Матери Парамифии («Отрада» или «Утешение»). Основа архитектурного типа малых храмов Ватопеда – вписанный крест с разными вариациями, обусловленными наличием или отсутствием притвора; два параклиса воздвигнуты в честь ватопедских святынь. На втором этаже соборного храма в 1678 г. был построен и расписан параклис в честь чудотворной иконы Богородицы Парамифии. На монастырском дворе на средства Феофила Созополита в 1794 г. был перестроен параклис в честь пояса Пресвятой Богородицы (постройка XVI в.), который представляет собой трёхкупольный триконх афонского типа с одной апсидой и притвором, перекрытым сводом. Его фасады украшены яркой кирпичной декорацией, напоминающей мозаику, и выделяются арочными очертаниями. Внутренние росписи выполнены в 1860 г. иноками Никифором и Герасимом, архимандритом Анфимием и иеромонахом Гавриилом, у входа изображён сербский князь Лазарь, подаривший храму чудотворную икону (эта церковь является образцом афонского поствизантийского строительства храмов XVIII в.). Деревянный резной иконостас, сооружённый в 1816 г., считается одним из лучших среди иконостасов афонских обителей. Сохранились два украшенных резьбой деревянных аналоя, подаренных деспотом Фессалоники Андроником Палеологом (до 1423 г.), на одном изображены 24 сюжета из Акафиста Пресвятой Богородице, на другом – сцены из Ветхого Завета.