Точка зрения А.С. Цалай-Якименко, что эта рукопись является автографом, вызвала полемику. Противники этой гипотезы часто впадают в гиперкритицизм, результатом которого оказывается дискредитация рукописи как источника. Признание переписчиков рукописи некомпетентными специалистами приводит к объявлению многих чтений ошибочными без детального изучения текстуальной истории и дифференциации особенностей текста и описок (часть «ошибок» приписана рукописи исследователями). Вариант β представлен неполными списками на церковнославянском языке. Некоторые дополнения к этому тексту приводятся Иваном Петровичем Сахаровым (1849 г.) по неизвестной рукописи. К этой публикации исследователи относятся с особой осторожностью из-за известной склонности И.П. Сахарова к неточным чтениям и подделкам. Для реконструкции исследователи пользуются также сборником «Мусикия», в котором цитируется этот вариант. Исследователи полагают, что даже суммирование всех данных не позволяет получить полный текст. Вариант γ читается в единственной церковнославянской рукописи Российского государственного архива древних актов (1690 гг.), в которой утрачен бифолий. Пропуск и перекомпоновка материала могли быть сделаны переписчиком. Вариант α наиболее обширен. Он состоит из основного раздела и существенного дополнения (конклюзии). Вариант β в реконструируемой части не имеет конклюзии. В варианте γ сохранена её заключительная таблица. Анализ разночтений показывает первичность варианта α. В вариантах β и γ заголовками обозначены шесть частей, в α – семь, включая две вторые части («О лѣтерах фундаменталных», «О конкорданцѣи»). При видимой ошибочности, чтение α первично. В этом варианте начало второго раздела труда (о композиции) отмечено отдельной частью, тогда как в β и γ оно оказалось расположенным внутри второй главы. Н.П. Дилецкий пишет, что предложил сольмизационные азбуки в первой части, а со второй начинается учение о композиции. Азбуки здесь приводятся в первой второй части («О лѣтерах фундаменталных»). Исследователи полагают, что упомянутое чтение осталось от предыдущего варианта текста, где соответствующий фрагмент читался в первой части, а во второй части начиналось описание композиции (последнее сохранилсь в α, но отсутствует в β и γ). Затем первая часть была поделена на первую и вторую, в результате появились две вторые части. В вариантах β и γ нелогичность в обозначении частей устранена сокращением второго из них. В отдельных разночтениях каждый из вариантов противопоставлен паре других, что не позволяет исследователям оценить последовательность возникновения β и γ. Исследователи полагают, что они написаны независимо друг от друга на основе общего несохранившегося церковнославянского протографа. Все варианты «Мусикийской грамматики» непосредственно связаны с деятельностью Н.П. Дилецкого. Вариант α – первоначальный, γ содержит дополнительный автобиографический пассаж («в службе моей смоленцей»), β послужил источником для третьей части сборника «Мусикия». Хотя в титуле «Мусикийской грамматики» есть указание на Смоленск как на место написания, в конклюзии α уточняется, что текст был продолжен в Москве, где, как полагают исследователи, были составлены остальные варианты.