Полифония также делится (в историческом смысле) на полифонию строгого и полифонию свободного стиля (письма). К первой исследователи относят полифонию XV–XVI вв. (музыка Гийома Дюфаи, Якоба Обрехта, Йоханнеса Окегема, Жоскена Депре, Орландо ди Лассо, Джованни Пьерлуиджи да Палестрины и др.), ко второй – полифония, начиная условно от Нового времени. Полифония строгого стиля нашла глубокое теоретическое обобщение в труде Иоганна Йозефа Фукса «Gradus ad Parnassum» (1725 г.), по которому её изучал юный Вольфганг Амадей Моцарт. Связующим звеном с полифонией свободного стиля явилось творчество Яна Питерсзона Свелинка, Джироламо Алессандро Фрескобальди, Генриха Шютца, Клаудио Монтеверди и др. Музыка композиторов раннего барокко Иоганна Якоба Фробергера, Генри Перселла, Дитриха Букстехуде и др. подготовила расцвет свободного стиля в творчестве Иоганна Себастьяна Баха и Георга Фридриха Генделя, кульминации полифония свободного стиля достигла в музыке И.С. Баха, которая и поныне остаётся эталоном полифонического мастерства. Исследователи отмечают, что для полифонии строгого письма характерны в целом предпочтение вокальных жанров (стиль a cappella), диатонизм и поступенность мелодики (основанной на так называемых церковных ладах – см. в ст. Глас), плавность ритмики, закрепощённость диссонанса (связанность его приготовлением и разрешением), в плане тематических первоисточников – так называемое кантусное письмо (композиция на «cantus firmus», взятый из григорианского или песенного репертуара), в образном плане – строгость, молитвенность, умиротворенность (по выражению Германа Августовича Лароша, «возвышенность полёта», «безмятежная чистота»). Исследователи отмечают, что полифонии свободного письма свойственны широкое развитие инструментализма и, как следствие, более широкий диапазон мелодики, насыщение её хроматизмами, скачками, жанровой характерностью, ритмическая контрастность и острота. Диссонанс становится более свободным в применении, хотя, в отличие от полифонии XX в., всё ещё требует разрешения в консонанс. Гармоническая основа полифонии свободного стиля – двухладовая система мажора и минора. Письмо на «cantus firmus» постепенно сходит на нет, будучи заменено фугой. Хотя у И.С. Баха и других немецких композиторов уже не григорианские мелодии, а протестантский хорал используется в качестве «cantus firmus» для хоральных обработок (в кантатах, Страстях, произведениях для органа). Теория фуги наиболее полно описана Фридрихом Вильгельмом Марпургом, в изучении полифонии свободного стиля важное значение имело исследование Эрнста Курта «Основы линеарного контрапункта» (1917 г.). В Новое время в музыке происходит постепенное укрепление позиций гомофонно-гармонического склада наряду с локальным использованием полифонических приёмов, форм и методов развития (особенно в церковной музыке). Но в целом в эпохи классицизма и романтизма полифония уходит на второй план.