К началу XX в. в пределах Костромской губернии (на территории современной Костромской, Ивановской и Нижегородской областей) было освящено во имя преподобного Макария 60 приходских храмов, он был самым почитаемым святым края. Главным центром почитания Макария оставался Унженский монастырь, где под спудом покоились мощи преподобного. 15 мая 1837 г. монастырь посетил наследник престола Александр Николаевич (впоследствии император Александр II), совершавший большую поездку по стране. В 1846 г. над местом погребения Макария в Макариевской церкви была установлена серебряная гробница весом 1 пуд 37 фунтов (около 33 кг) с резной позолоченной сенью, ограждённая медной позолоченной решёткой. 12 декабря 1929 г. при закрытии Унженского монастыря состоялось вскрытие мощей Макария. На следующий день в статье местной газеты «Северная правда» сообщалось, что «на глубине 1 метра в земле присутствующие на вскрытии нашли несколько костей и череп». С 1930 г. мощи хранились в запасниках краеведческого музея в городе Юрьевце. По описи от 26 мая 1945 г., они состояли из 43 частей. 14 мая 1990 г. в Юрьевецком музее был подписан акт о передаче Костромской епархии «в постоянное пользование» экспоната с учётным №ЮКМ-51/1-43, т.е. мощей Макария. Их перевезли в Кострому и поместили в алтаре церкви Воскресения на Дебре. 7 августа 1992 г. епископ Костромской и Галичский Александр (Могилёв) передал ковчег с мощами причту церкви Рождества Христова города Макарьева, где они находились до 1994 г., когда их перенесли в возрождённый Унженский монастырь. 3–7 августа 2007 г. состоялось перенесение в Желтоводский монастырь части честной главы Макария, которая в конце 1970 гг. была передана хранителем музея Л.А. Петровой служившему в городе Юрьевце иеромонаху Венедикту (Лопухину). После смерти игумена Венедикта (Лопухина) в 1997 г. часть честной главы перешла к его брату протоиерею Алексию Лопухину, который выставил её для поклонения в храме деревни Изборск Печорского района Псковской области. В 2005 г. священник передал мощи в Снетогорский Рождественский монастырь, откуда они поступили в Нижегородскую епархию. В 2006–2007 гг. ковчег с частью честной главы Макария находился в Печерском монастыре Нижнего Новгорода, а затем крестным ходом был перенесён в Желтоводский монастырь. В 1996 г. возродился Свияжский Вознесенский Макариевский мужской монастырь, в 1998 г. – Решемский мужской монастырь (в 2006 г. преобразован в женский). В 1989 г. был возвращён епархии Спасский (Староярмарочный) собор в Нижнем Новгороде, в 1992 г. – Александро-Невский собор (Новоярмарочный; с 2009 г. – кафедральный собор Нижегородской епархии). В 2011 г. в Макарьевском районе Костромской области появилась традиция проведения крестного хода в день преставления Макария из села Унжи в Унженский монастырь. В 1981 г. имя Макария было включено в Собор Костромских святых, в 2000 г. – в Собор Иваново-Вознесенских святых, в 2008 г. – в Собор Нижегородских святых.