До 1670 г. о мощах Макария ничего известно не было: почиталась только рака, на ней, согласно монастырским описям, находились икона Макария и «служба с житием». Однако в напрестольном кресте, вложенном в 1634 г. князем Петром Дмитриевичем Пожарским в церкви Преображения села Пурех, среди хранившихся в нём частиц мощей святых названы и мощи Макария. История обретения мощей Макария реконструируется на основании «Сказания об обретении честных мощей преподобного и богоносного отца нашего Макария, Желтоводского и Унженского чудотворца», сохранившегося в унженских сборниках. Произведение создано в Унженском монастыре, его автором исследователи (Ерофеев, Тарасенко) считают очевидца описываемых событий, написание датируют временем после 1677 г., когда мощи преподобного снова были погребены под спудом. В начале июля 1670 г., как говорится в «Сказании об обретении мощей...», во время постройки храма над гробом Макария, в подножии раки нашли нетленное монашеское тело. Иноки решили, что обнаружили одного из двух учеников Макария, умерших вскоре после его кончины. Игумен Никита (1666–1675 гг.) велел положить мощи в новый гроб и временно поставить в углу церкви. 12 октября 1670 г., по повелению игумена по правую сторону от раки преподобного, на расстоянии сажени от неё, у самой стены, стали копать могилу, чтобы погрести тело неизвестного монаха. При работах с левой стороны от раки Макария обвалилась земля, и под ней, «яко в пояс глубины», оказалась каменная плита «длиною четырехъ пядий, а толстотою – единыя пядь». Когда по повелению игумена плиту сняли, то под ней нашли «честныя и святыя мощи преподобнаго и богоноснаго отца нашего Макария, Унженскаго чюдотворца, многимъ нетлѣнием от Бога почтени, и кости в составѣх тверди и нерушимы, власи главнии и брада сѣды, видомъ же всѣмъ таковъ, якоже и на иконах пишется: одежда же иноческая на мощехъ, яже есть схима и мантия и прочее, весма цѣлы и крѣпки, и опеленание нетлѣнно» (Российская национальная библиотека). Нижняя доска от гроба Макария оказалась целой, а верхняя и боковые истлели. Игумен с братией вынули мощи из земли, положили их в новый гроб и поместили в раку святого, положив на неё икону; «сотвориша праздникъ свѣтелъ и торжество радостное обрѣтению честныхъ мощей преподобнаго» (Российская национальная библиотека). Но об этом важном событии игумен не известил царя и патриарха, тогда как в обители стали оказывать мощам честь и ежегодно 12 октября совершали празднование в честь обретения мощей Макария.