Согласно «Сказанию об обретении мощей...», так продолжалось четыре года. В конце 1674 г. монах Иосиф Свияжанин, за «нѣкое неисправление в монастырских службах» отстранённый игуменом от должности, решил отомстить игумену Никите. В начале 1675 г. он тайно ушёл в Москву и донёс Патриарху Московскому и всея Руси Иоакиму, что игумен без разрешения царя и без благословения патриарха вынул из земли мощи неизвестного монаха, хранит их в храме и почитает за мощи Макария, а во время освящения воды полагает часть от них в святую воду, которую подаёт царю и патриарху, когда пребывает в Москве. Патриарх Иоаким, получив донесение, сообщил о действиях игумена царю. В феврале 1675 г. в Унженскую обитель для расследования патриарх послал комиссию во главе с бывшим Тобольским и Сибирским архиепископом Симеоном, в которую входили настоятель Желтоводского монастыря архимандрит Тихон Макариевский и бывший желтоводский игумен Варлаам. 28 февраля комиссия прибыла в Унженский монастырь. Архиепископ Симеон, без должного почтения осмотрев мощи Макария («ни перстом прикоснуся святыхъ его мощей, но посохом одежду, на нихъ сущую, подъемля»), назвал их «монашескими костьми». Допросив игумена и монахов о том, как они были обретены, приказал гробницу снять, а гроб с мощами поставить «просто въ церкви въ углѣ». Игумена Никиту архиепископ отправил в Желтоводский монастырь как «новоначального послушника», а патриарху написал, что игумен с братией нашли «кости монашеския», чудес же «никоихъ от тѣхъ костей нѣсть» (Российская национальная библиотека). Автор «Сказания об обретении мощей», объясняя неблаговидные действия архиепископа Симеона, писал, что «сие же все онъ творяше, дабы низложити ему от славы Унженскую обитель, аки бы в ней мощей преподобнаго Макариа нѣсть. Возвысити же хотяше Желтоводский монастырь» (Российская национальная библиотека). Получив донесение, патриарх приказал архиепископу погрести мощи в земле там же, где были обретены, под гробницей Макария, «сие помысливъ въ умѣ своемъ, понеже подъ гробницею обрѣтошася, и чия гробница, того мощи». Архиепископ при погребении мощей «отъя от нихъ часть едину и, вземъ, у себе сохрани» (Российская национальная библиотека). Из Унженского монастыря он отправился в Желтоводскую обитель, однако на Унженском озере его корабль встал: сильный ветер не позволял ему войти в реку. Архиепископ Симеон, поняв, что «не отпущает его святый Макарий», стал молиться святому. Преподобный, «слыша молитву его, свободи кораблецъ той от задержания» (Российская национальная библиотека).