В конце 1869 г. с подачи обер-прокурора Дмитрия Андреевича Толстого Синод учредил «особый комитет для составления основных начал преобразования судебной части». Одна из главных задач, стоявших перед членами комитета, сводилась к согласованию норм и правил церковного суда с нормами и правилами суда светского, коренная реформа которого была осуществлена в 1864 г. В состав комитета вошли главный священник армии и флота Михаил Иванович Богословский, протоиереи Николай Петрович Содальский, Иван Николаевич Рождественский, Феофан Гаврилович Лебединцев, профессора Киевского университета протоиерей Назарий Антонович Фаворов, Московской духовной академии Алексей Фёдорович Лавров-Платонов (впоследствии архиепископ Виленский Алексий), Санкт-Петербургской духовной академии Тимофей Васильевич Барсов, юрисконсульт при обер-прокуроре В.А. Степанов. Руководил деятельностью комитета Макарий. Работа продолжалась до 25 марта 1874 г. Комитет выявил четыре главных недостатка церковного суда: объединение судебной, обвинительной и административной власти, отсутствие гласности, суд производился без подсудимого, решения выносили на основе теории формальных доказательств, все дела вели архиерей и духовная консистория. Комитет предложил отделить судебную власть от обвинительной и административной, приблизить суды к обвиняемым, заменить письменное проведение дел устным при публичном заседании суда и др. Комитет предоставил и новую структуру духовного суда: духовный судья – духовно-окружной суд – судебное отделение Синода – общее собрание Синода по особо важным делам. Важнейшей составляющей нового проекта судебной системы должна была стать «обвинительная часть», контролируемая обер-прокурором. Начиная уже с духовно-окружного суда вводился институт прокурорского надзора. На должность прокуроров должны были назначать светских лиц, которые подчинялись непосредственно обер-прокурору Синода. Деятельность комитета уже на ранней стадии вызвала многочисленные споры, не было согласия и между членами комитета. Один из главных оппонентов Макария, профессор А.Ф. Лавров-Платонов, в 1873 г. подготовил книгу «Предполагаемая реформа церковного суда», изданную Николаем Васильевичем Елагиным. Среди других активных критиков этой реформы выделяются Андрей Николаевич Муравьёв и архиепископ Волынский Агафангел (Соловьёв). А.Н. Муравьёв, обратившись к великому князю Константину Николаевичу, настаивал, что в случае реализации представленного комитетом проекта обер-прокурор «будет сам и через подчинённых ему прокуроров полным распорядителем Церкви, по административной, судебной и исполнительной части; все же епископы, у которых собственно и отнимается их судебная каноническая власть…, обратятся в рукополагающие машины для производства священников». Вследствие недовольства значительной части епископата проект не был реализован.