22 мая 1840 г., после окончания академии, Михаил Булгаков подал прошение о пострижении в монашество. 15 февраля 1841 г. ректором Киевской духовной академии архимандритом Иеремией (Соловьёвым) в Свято-Духовской церкви Киево-братского в честь Богоявления монастыре был пострижен в монашество с наречением имени Макарий в память Киевского митрополита Макария. 25 марта того же года в Киево-Софийском соборе Киевским митрополитом Филаретом (Амфитеатровым) Макарий был рукоположён во диакона, 24 июня епископом Чигиринским Иеремией (Соловьёвым) – во иерея. После завершения академического образования Макарий был оставлен в Киевской духовной академии преподавателем на только что открытой кафедре Русской церковной и гражданской истории. Его лекции по новой дисциплине отличались стройностью плана, точностью в изложении событий, строгостью выводов и простотой изложения. С 20 января по 6 июня 1842 г. Макарий помимо основной деятельности в академии был временно назначен ректором Киево-Подольских духовных училищ и успел сделать много полезного для укрепления дисциплины и повышения экономического уровня. В июле 1842 г. Макарий был переведён из Киевской духовной академии в Санкт-Петербургскую духовную академию. Перевод был осуществлён благодаря ходатайству ректора Санкт-Петербургской духовной академии архимандрита Афанасия (Дроздова), который отказался от преподавания богословия в академии и пригласил на эту кафедру именно Макария. Архимандрит Афанасий (Дроздов) писал в прошении на имя обер-прокурора Синода, что Макарий известен ему «по своим способностям и сведениям» (Российский государственный исторический архив). В декабре 1842 г. последовало утверждение Макария в степени магистра богословия. Кроме преподавательской должности в течение 15-летнего служения в Санкт-Петербургской духовной академии Макарий исполнял и ряд других обязанностей: в 1842–1844 гг. был помощником инспектора, с 1844 г. – инспектором. 17 декабря 1844 г. Макарий был возведён в сан архимандрита с присвоением степени настоятеля третьеклассного монастыря. С 1843 г. – экстраординарный, в 1844–1857 гг. – ординарный профессор догматического богословия; в 1847–1849 гг. также преподавал историю Русской церкви, в 1853–1857 гг. – историю русского раскола. Уже после первых месяцев служения на новом месте Макарий писал, что ему очень нравится обстановка в Санкт-Петербургской духовной академии, хотя и признавался, что на составление лекций по догматике уходит много времени и сил. «Об одном жалею, что труды мои устремлены не на один – главный мой предмет, на который я желал бы употребить их. Сколько делаю я не за себя, а за других тайком, как скрытое орудие. То пишу отзывы или критики на ту или иную книгу, которые шлют сюда, разумеется, ко мне, из Учебного Управления, то составляю планы на то, на сё… То, например, должен был найти из Священного Писания приличные эпиграфы на фронтоны нашего великолепнейшего Исаакиевского собора и проч., и проч.». По воспоминаниям Московского митрополита Леонтия (Лебединского), обучавшегося в Санкт-Петербургской духовной академии с 1843 по 1847 гг., Макарий тщательно готовился к лекциям, никогда не читал по тетради и всё время ходил по аудитории, редко садясь за кафедру. Излагал материал обстоятельно и живо, но при этом во время устных экзаменов требовал от студентов практически буквальных ответов, за что учащиеся прозвали его копиистом.