В продолжение первого года службы в Санкт-Петербурге Макарий подготовил по поручению ректора епископа Афанасия (Дроздова) и опубликовал в журнале «Христианское чтение» статьи под общим названием «Святого отца нашего Димитрия Ростовского святителя и чудотворца, догматическое учение, выбранное из его сочинений». Впоследствии этот труд, при написании которого Макарий четыре раза перечитал творения Димитрия (Савича (Туптало)), был отпечатан отдельным изданием, но ограниченным тиражом. Отдельной книгой было издано также магистерское сочинение «История Киевской академии» (1843 г.). Михаил Петрович Погодин писал, что молодой инспектор Санкт-Петербургской духовной академии приобрёл большую известность своим «учёным, европейским» сочинением по истории Киевской духовной академии, которое «служит блистательным новым доказательством нашей зрелости. Мы смело можем представить его европейскому конгрессу. Знакомство близкое со всеми источниками, внимательность к прежним исследованиям, осторожность в заключениях, полнота, соразмерность, ясный ум, прекрасный язык – вот достоинства книги» (положительно отозвался о работе и Виссарион Григорьевич Белинский). В 1846 г. было опубликовано сочинение «История христианства в России до равноапостольного князя Владимира», ставшее своего рода введением к последующей многотомной «Истории Русской Церкви» и послужившее основанием для избрания Макария действительным членом Общества истории и древностей российских при Московском университете. В 1847 г. Макарий издал книгу «Взгляд на историю Русской Церкви до нашествия татар», представлявшую собой переработанные лекции, прочитанные в 1841–1842 гг. в Киевской духовной академии. При участии ректора епископа Афанасия (Дроздова) сочинение «История христианства в России до равноапостольного князя Владимира» было преподнесено в дар императору Николаю I и цесаревичу наследнику Александру Николаевичу (Российский государственный исторический архив). 17 мая 1847 г. Макарю была объявлена благодарность императора. Впоследствии Макарий неоднократно преподносил в дар государям свои богословские и исторические исследования. За сочинение «Введение в православное богословие» 6 декабря 1847 г. император пожаловал Макарию наперсный крест, украшенный драгоценными камнями. В 1852 г. за сочинение «Православно-догматическое богословие» Макарий вновь был удостоен благодарности. Император Александр II в августе 1855 г. изъявил благоволение за сочинение «История русского раскола», в марте 1857 г. – благодарность за первые тома «Истории Русской Церкви». В 1847 г. было опубликовано «Введение в православное богословие». Макарий первоначально подготовил сочинение в виде трёх выпусков, каждый из которых поэтапно отправлял на рассмотрение духовных цензоров. В Санкт-Петербургском духовном цензурном комитете рукописи рассматривал архимандрит Аввакум (Честной). Далее рукописи поступали на рассмотрение в Синод, поручивший изучение текстов Курскому архиепископу Илиодору (Чистякову). Он допустил к печати все три выпуска, но в первом отзыве порекомендовал заменить первоначальное авторское название «Энциклопедия православного богословия» другим, «более сообразным с существом дела» (Российский государственный исторический архив).