2 августа 1859 г. Макарий был утверждён в звании вице-президента комитета Харьковского губернского попечительства о тюрьмах. 30 мая 1864 г. назначен председателем Харьковского губернского присутствия по обеспечению духовенства епархии. Первоначально Макарий управлял обширной епархией самостоятельно, в 1866 г. было учреждено викариатство. Для непосредственного знакомства с пастырской деятельностью духовенства и с религиозно-нравственным состоянием паствы Макарий в течение года периодически совершал объезды епархии. В 1864 г. Макарий, один из первых архиереев РПЦ, разрешил проводить на съездах духовенства выборы благочинных. Он строго следил за тем, чтобы богослужение во всей епархии совершалось согласно церковному уставу, заботился о том, чтобы духовенство было грамотным и священнические места занимали лица, в первую очередь, с семинарским образованием. По инициативе Макария в Харькове была создана общая церковная библиотека, которой пользовалось не только духовенство, но и светские лица. Макарий внимательно относился к нуждам духовенства и членам их семей, оказывая им всевозможную помощь. Большое внимание уделял улучшению материального положения воспитателей и воспитанников учебных заведений. 1 марта 1866 г. Макарий обратился к клиру всех церквей епархии с призывом отчислять незначительную часть доходов на улучшение благосостояния духовных учебных заведений. 12 декабря 1866 г. император Александр II объявил благодарность Макарию за работу по улучшению положения Харьковской духовной семинарии и подведомственных ей училищ. С 1868 г. Макарий жертвовал из собственных средств по 300 руб. на духовно-учебные заведения для учреждения стипендий для сирот и бедных, но «отличающихся успехами и поведением»: 100 руб. на семинарию и по 50 руб. на каждое из училищ. За время управления Макарием Харьковской епархией число народных училищ увеличилось в четыре раза: к началу 1869 г. их было 405. Особое внимание Макарий уделял епархиальным учебным заведениям: семинарии, трём низшим мужским училищам (Харьковскому, Ахтырскому и Купянскому) и училищу для девиц духовного звания; последнему Макарий в 1867 г. пожертвовал 1 тыс. руб. на расширение здания (Российский государственный исторический архив). В 1867 г. при деятельном участии Макария был открыт мужской монастырь во имя великомученика Димитрия Солунского в селе Рясном Ахтырского уезда. С 1862 г. по инициативе Макария в Харьковской епархии выходил ежемесячный журнал «Духовный вестник», редактором которого стал профессор Харьковского университета протоиерей Василий Добротворский. Здесь публиковались материалы по церковной истории, критические обозрения текущей духовной литературы, летопись событий церковной жизни, а также статьи самого архиерея («Русская духовная литература в период монгольский»; «Церковное право в России при монголах»). Но в 1867 г. из-за недостатка средств издание было прекращено. С 1864 по 1866 гг. в Харькове издавался журнал «Духовный дневник», выходивший в первый год еженедельно, а в 1865–1866 гг. – два раза в месяц. Это периодическое издание было основано учёной корпорацией Харьковской духовной семинарии.