Традиционные и обязательные объезды епархии Макарий совершал редко, в основном, в летние месяцы, когда жил в Вильне. Всё остальное время, являясь присутствующим членом в Синоде, находился в Санкт-Петербурге. Большую помощь по управлению Литовской епархией Макарию оказывали викарные Ковенский и Брестский епископы (первый по прямому указанию Макария проживал в Вильне). В период управления Литовской епархией Макарий принимал активное участие в делах высшего управления РПЦ. Он возглавлял Комиссию по пересмотру действовавшего устава духовной цензуры и Комитет по преобразованию судебной части в духовном ведомстве. После введения в 1865 г. временных правил о печати предпринимались попытки довести дело до конца и принять постоянно действующий устав. 2 ноября 1869 г. была учреждена Комиссия для пересмотра действующих постановлений о цензуре и печати и для приведения их в соответствующую систему. Председателем комиссии был назначен князь Сергей Николаевич Урусов. Одновременно в духовном ведомстве была образована комиссия под председательством Макария, которая должна была разработать проект изменений в области духовной цензуры. В состав комиссии вошли сотрудник Санкт-Петербургского духовно-цензурного комитета архимандрит Ефрем, протоиерей Иоанн Яхонтов, профессор Санкт-Петербургской духовной академии Иларион Алексеевич Чистович, юрисконсульт при обер-прокуроре Синода В.А. Степанов, исполняющий должность директора канцелярии обер-прокурора Иван Александрович Ненарокомов и член той же канцелярии Алексей Иванович Забелин (Российский государственный исторический архив). В итоговом документе, представленном на рассмотрение Синода, комиссия отметила наличие серьёзных проблем в духовно-цензурном ведомстве и предложила повторить опыт Временных правил 1865 г. и освободить от предварительной цензуры: а) повсеместно в России: все издания Синода и епархиальных архиереев; все издания духовных академий и учебных обществ; все издания духовного содержания (например, серию «Творения св. отцов и учителей Церкви») на древних классических языках, а также их переводы; все сочинения священнослужителей духовно-нравственного содержания; брошюры, в которых содержались выписки из творений св. отцов, молитвы и песнопения из богослужебных книг и литографические священные изображения, издаваемые священнослужителями; б) в Санкт-Петербурге и Москве: все духовные периодические издания, «если издатели сами того пожелают», с освобождением от обязанности вносить залог, взимаемый с издателей светских газет и журналов; все оригинальные духовные сочинения объёмом не меньше десяти печатных листов, а переводные – не меньше двадцати печатных листов. Комиссия также предлагала упразднить столичные духовные цензурные комитеты, а их членов ввести в состав гражданских цензурных комитетов «под заведованием Главного управления по делам печати при Министерстве внутренних дел..., чтобы не могло произойти никакой опасности для веры и Церкви и нимало не нарушались права церковной власти Св. Синода». Проект был представлен в Синод 10 мая 1870 г. Рассмотрев предложения и внеся поправки, Синод утвердил все нововведения указом от 20 января 1871 г. Далее проект преобразований был передан в комиссию князя С.Н. Урусова, последнее заседание которой состоялось 6 ноября 1871 г. Итоговый проект цензурного устава предполагал значительное смягчение законов о печати. Однако проект так и не был принят.