По поручению Синода в 1847 г. архиепископ Иннокентий (Борисов) должен был просмотреть сочинение Макария и сообщить, можно ли эту книгу преподнести императору. Архиепископ Иннокентий (Борисов) отметил, что «книга сия и по важности своего содержания, и по способу изложения предметов, и по значительности труда, коего стоила она сочинителю» может быть преподнесена в качестве дара главе государства, и одновременно высказал мнение, что будет справедливо Макария «как за сей новый учёный труд, так и за предшествовавшие, – особенно по истории Русской Церкви», удостоить докторской степени (Российский государственный исторический архив). Ходатайство архиепископа Иннокентия (Борисова) и митрополита Санкт-Петербургского Антония (Рафальского) было удовлетворено, и 31 октября 1847 г. Макарий был удостоен степени доктора богословия. В 1849 г. был опубликован первый том «Православно-догматического богословия». 20 декабря 1850 г., после перевода бывшего ректора Санкт-Петербургской духовной академии епископа Евсевия (Орлинского) в Самару, Макарий был определен ректором Санкт-Петербургской духовной академии с присвоением степени настоятеля первоклассного монастыря и оставлением за ним должности профессора богословия (Российский государственный исторический архив). 20 января 1851 г. последовал указ о хиротонии Макария во епископа Винницкого, викария Каменец-Подольской епархии, и о назначении настоятелем первоклассного Шаргородского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря с оставлением на посту ректора Санкт-Петербургской духовной академии. На вакантную кафедру Синод на выбор предложил ещё две кандидатов: настоятеля рязанского в честь Преьражения Господня монастыря, ректора Рязанской духовной семинарии архимандрита Антония (Смолина) и настоятеля одесского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, ректора Херсонской духовной семинарии архимандрита Парфения (Попова). Макарий оказался самым младшим, но император из трёх кандидатов выбрал именно его. 24 января 1851 г. состоялось наречение Макария, а 28 января – хиротония, которую совершил в Казанском соборе Санкт-Петербурга митрополит Никанор (Клементьевский) в сослужении архиепископа Казанского Григория (Постникова), архиепископа Астраханского Евгения (Баженова), епископа Тамбовского Николая (Доброхотова), митрополита Неофита Илиупольского и епископа Ревельского Христофора (Эмаусского – Российский государственный исторический архив). Будучи ректором, Макарий поддерживал в академии строгие порядки и дисциплину. Важное значение в деле воспитания студентов придавал церковному богослужению. Много внимания уделял улучшению материального положения наставников академии. Пополнение книгами академической библлиотеки также было одной из главных задач руководства академии.