Назначение ректором Санкт-Петербургской духовной академии и возведение в сан епископа не мешали Макарию продолжать чтение лекций и трудиться над составлением следующих томов по догматическому богословию и русской церковной истории. «Православно-догматическое богословие» в пяти книгах было высоко оценено Иннокентием (Борисовым), который рассматривал его по поручению Академии Наук. 17 апреля 1854 г. это сочинение было удостоено полной Демидовской премии в 1428 руб. 4 ноября 1854 г. Макарий был утверждён в звании ординарного академика императорской Академии Наук по отделению русского языка и словесности (Российский государственный исторический архив) на основании отзыва академика Ивана Ивановича Давыдова. Во время пребывания в Санкт-Петербурге Макарий не пропустил ни одного из заседаний второго отделения академии. Десять из этих заседаний были посвящены разбору его докладов. Впоследствии, будучи уже епархиальным архиереем, Макарий, приезжая в Санкт-Петербург, всегда старался посетить заседания в Академии Наук (Российский государственный исторический архив). Он тесно общался с учёными, историками и литераторами М.П. Погодиным, Петром Александровичем Плетнёвым, Николаем Герасимовичем Устряловым и др. В 1853 г. при Санкт-Петербургской духовной академии было учреждено миссионерское отделение «для приготовления воспитанников на дело с раскольниками». В 1855 г. учение о расколе было введено в общий курс академического преподавания, а с 1857 г. во всех духовных академиях были учреждены кафедры «Учения о русском расколе». В качестве пособия в 1855 г. Макарий опубликовал «Историю русского раскола, известного под именем старообрядчества». Рецензентом данного исследования стал архиепископ Григорий (Постников). В отзыве он отметил, что сочинение Макария написано обстоятельно, на основании серьёзной источниковедческой базы. Вместе с тем архиепископ Григорий (Постников) указал, что в исследовании ничего не говорится о «Мартине еретике и бывшем на него Соборе». «Ибо раскольники, опровергая действительность сего сказания, и доныне везде крайне срамят православную Церковь, – писал рецензент. – Посему сочинителю означенной истории непременно должно было где-нибудь сказать сильное слово в защищение православной Церкви. Но как оно нигде не сказано, то сим подаётся раскольникам новый случай хулить православную Церковь» (Российский государственный исторический архив).Исследователи полагают, что Макарий считал, что сказание о Мартине является подлогом, но не стал выступать против официальной точки зрения Синода. В итоге Макарий так и не включил в свою «Историю русского раскола» требуемый раздел, а ограничился одним предложением и ссылкой на исследование Воронежского архиепископа Игнатия (Семёнова) «История о расколах Русской Церкви», отметив, что в этом сочинении сказано «решительно всё, что только можно сказать против раскольников в защиту подлинности Деяний означенного Собора и к чему я не мог бы прибавить ничего» (Российский государственный исторический архив). Митрополит Филарет (Дроздов) поблагодарил Макария за это сочинение, отметив, что в данной работе при прочтении «встречал предметы точнее и полнее изложенные, нежели у трудившихся на сем поприще прежде вас».