Некрополь Межигорского в честь Преображения Господня монастыря формировался в XVI–XIХ вв. вокруг Преображенского собора. В притворе деревянного Преображенского храма были похоронены игумены Афанасий (Московитянин; ум. 7 мая 1612 г.), Гедеон (Галичанин; ум. 16 сентября 1623 г.), Варнава (Лебедевич; ум. 14 ноября 1663 г.). После пожара 25 июня 1665 г. могилы игуменов были утрачены. Впоследствии на территории обители были похоронены игумен Феодосий (Васьковский; ум. в 1703 г.), архиепископ Иродион (Жураковский; ум. 18 сентября 1735 (по другим данным, 29 сентября 1735) г.), архимандриты Никанор (ум. в 1768 г.), Гавриил (Гуляницкий; ум. 30 декабря 1785 г.). В XVII в. в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре были похоронены ктиторы черкасские подстаросты Дионисий Луцкович Богуш, Борис Маркевичев, Ипполит Родкевич (киевский мечный), Михаил Стеткевич (сын Феодора Стеткевича, каштеляна Мстиславского), Константин Хрептович (киевский стольник), а также представители рода панов Трипольских. В монастыре была могила казачьего гетмана О. Гоголя (ум. 5 января 1679 г.), предка писателя Николая Васильевича Гоголя.