Всё монастырское хозяйство концентрировалось, в основном, в сёлах, расположенных вокруг обители. Земли межевались в 1523 и 1604 гг. Основным источником формирования земельных владений были пожалования князя К.К. Острожского, а позднее украинских гетманов и московских царей. Киевский митрополит Пётр (Могила) писал о чуде, которое произошло в 1614 г.: киевский земский писарь Василий Александрович Воронич отобрал у братии озеро Косиор и рыболовецкие сети. Вскоре он заболел и, несмотря на возвращение монастырского имущества и молитвы межигорского игумена Гедеона, умер. В завещании митрополита Петра (Могилы), а также в книге «Лифос» Межигорский в честь Преображения Господня монастырь упоминается в ряду «бездоходных» обителей, не имевших «фундушей». Точные данные о характере хозяйства Межигорского в честь Преображения Господня монастыря исследователи относят только ко второй половине XVIII в. Монастырские ведомости 1774 г. дают описание существовавшего на тот момент хозяйства. Послушники в монастыре и по вотчинам (105 человек) получали пищу, холст на рубашки, сапоги, ботинки, тулупы, шапки, пояса и рукавицы на зиму. Наёмным работникам (45 человек) выдавали тулупы, свитки, две рубашки, двое штанов, пояса, шапки, рукавицы, сапоги, постолы ременные и жалованье по 4 руб. каждому. На содержание монахов, послушников и работников ежегодно расходовалось до 4281 руб. 35 коп. На покупку жита, гречки, овса, проса, пшеницы на просфоры, солода на пиво, а также ладана и воска ежегодно расходовали до 1702 руб. 85 коп. К 1774 г. при Межигорском в честь Преображения Господня монастыре на пяти огородах выращивали для нужд обители капусту, лук, чеснок, морковь, пастернак, репу, брюкву, огурцы, фасоль; насельники обрабатывали виноградники, яблоневые, грушевые, сливовые и черешневые сады. Монастырь владел 39 рыболовными озёрами у Днепра, 12 из них отдавались в откуп монастырским подданным (каждое озеро по 10 руб. в год). Также Межигорский в честь Преображения Господня монастырь владел лесом на правом берегу Днепра, который братия использовала при строительстве. Жители Киева рубили лес для своих нужд, и обитель получала доход около 150 руб. в год. На территории другого лесного участка, на левом берегу Днепра, именовавшегося Гористань, изготавливали борти для пчёл. Близ монастыря 350 десятин пашни засевали гречихой, ячменем, горохом и овсом. Но урожайность была невысокой из-за песчаных и глеевых грунтов. На покосах собирали до 13,2 тыс. копён сена, в неурожайные годы – втрое меньше; в 1774 г. монастырь потратил на покупку сена 113 руб.