После пожаров 1665, 1717, 1764 и 1787 гг. монастырь неоднократно перестраивался. Собор в честь Преображения Господня, изначально деревянный, вновь был построен в 1611 г., но сгорел 25 июня 1665 г. В 1676 г. межигорцы обратились к Московскому патриарху Иоакиму с просьбой помочь возвести храм; при финансовой поддержке патриарха был выстроен каменный пятиглавый Преображенский храм (1690 г.). В описи 1777 г. он назван ветхим. Помимо утвари в соборе висели портреты патриарха Иоакима, архимандрита Иродиона (Жураковского), князя Андрея Юрьевича Боголюбского, императрицы Елизаветы Петровны и наследника великого князя Петра Фёдоровича (впоследствии император Пётр III). В 1930 гг. собор был разрушен. Пятиглавая деревянная церковь в честь Сошествия Святого Духа на апостолов (1675 г.), сгоревшая в 1717 г., была отстроена и освящена архимандритом Иродионом. В ней были портреты императора Петра I, гетманов Богдана Хмельницкого, Остапа Гоголя, подстаросты Дымерского Смоцка Скорупского, игумена Филарета (Кощаковского), полковника Семёна Палия, а также хранились сабля и пернач Семён Палия. Свято-Духовский храм сгорел в 1787 г. Деревянная церковь Николая Чудотворца (1609 г.) при трапезе сгорела в 1787 г., храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, построенный в 1776 г. на месте больничного, – в 1787 г. В 1772–1774 гг. вместо деревянной надвратной церкви во имя апостолов Петра и Павла (1607 г.) на средства кошевого атамана Запорожской Сечи П.И. Калнышевского была возведена одноимённая каменная с колокольней. На колокольне висели семь колоколов XVII–XVIII вв. и часы. В 1930 гг. храм был разрушен. В XVII–XVIII вв. в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре существовала пещерная церковь преподобных Онуфрия и Петра Афонских. Пещера, подобная Киево-Печерским, имела «узкий и низкий дугообразный проход, только с большею сыростию». К концу XIX в. уже невозможно было «определить, где был первоначальный вход в пещеру, потому что отверстие имело начало с полугоры; на одном месте заметны большие обвалы с утёса в реку, разрушившие начальный пещерный вход, который, по преданию, начинался у самой поверхности реки, куда запорожцы въезжали на лодке по воде. «Существует мнение, что вода из Днепра проникала в самый ход, что давало возможность пройти туда казачьим чолнам», а затем ход пещеры поднимался в гору, а чёлн оставался на месте. Какой-то старик не очень давно говорил в монастыре, что казачья лодка и теперь находится в пещере, заваленная землёю. По преданиям, в Межигорских пещерах скрыто много запорожских денег и разных драгоценностей». Братский корпус (1766 г.), построенный по проекту архитектора Ивана Григорьевича Григоровича-Барского, в 1816–1817 гг. был реконструирован по проекту архитектора Ивана Степановича Кедрина.