В 1636 г. вдова киевского бургомистра И. Мошенна завещала Межигорскому в честь Преображения Господня монастырю усадьбу, расположенную рядом с подворьем. В 1663 г. к подворью присоединился ещё один двор, купленный у мещанки Кравцовой. В 1765 г. калужский купец Афонович передал Межигорскому в честь Преображения Господня монастырю другой двор со строениями. К 1768 г. исследователи относят первое упоминание деревянной на кирпичном фундаменте церкви во имя великомученика Пантелеимона, построенную для старых запорожцев, останавливавшихся на подворье. При церкви в деревянных кельях проживали иеромонах и три послушника. Однако храм посещали не только запорожцы, но и киевские мещане. Подольское приходское духовенство жаловалось Киевскому митрополиту на колокольный звон, торговлю свечами и «переманивание» прихожан в эту дворовую церковь. На городских планах 1774 и 1786 гг. усадьба Межигорского в честь Преображения Господня монастыря располагалась на Межигорской ул. – на углу современных улиц Спасской и Волошской. В 1789 г. бывшее подворье Межигорского в честь Преображения Господня монастыря было передано жителям Подола под частную застройку и Киевскому магистрату для устройства фаянсовой фабрики. К фабрике, начавшей работу в 1801 г., были приписаны несколько сот крестьян из окрестных сёл. С 1822 г. фабрика перешла в ведомство Императорского кабинета. На фабрике производили чайную и столовую посуду, вазы, скульптурные изделия; продукция экспонировалась на промышленных выставках в Москве (1830 г.), Киеве (1834 г.), Санкт-Петербурге (1849 г.). В 1826 г. при фабрике открылась художественная школа. В 1858–1874 гг. фабрика передана в аренду частным предпринимателям, впоследствии была закрыта. В 1884 г. в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре был возобновлён мужской монастырь, а в 1894–1918 гг. – женский. В 1923 г. в постройках обители открыли художественно-керамический техникум, в 1930 г. – институт. С 1935 г., после переноса столицы Украины из Харькова в Киев, на месте разрушенных помещений строили правительственные дачи. 14 июня 2011 г. Синод УПЦ благословил начать возрождение Межигорского в честь Преображения Господня монастыря в селе Новые Петровцы и назначил наместником архимандрита Никона (Русина).