27 октября 1725 г. в пещерном храме преподобных Онуфрия и Петра Афонских иеросхимонахом Феодором Горленко был пострижен в рясофор с именем Иларион, а в 1727 г. переведён в Киево-Братский монастырь. В 1747 г., будучи наместником Троице-Сергиевой лавры, архимандрит Иоасаф вызвал из Межигорского в честь Преображения Господня монастыря иеромонаха Павла (Казановича), который расписал лаврские храмы и преобразовал лаврскую иконописную мастерскую. В 1726 г. в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре был пострижен в монашество Тихон Иванович Щербацкий (впоследствии митрополит Московский и Калужский Тимофей). В 1729–1733 (?) гг. монастырь возглавлял архимандрит Каллист (Зеленский), в 1736–1740 гг. – архимандрит Алексий (Петрина), в 1741–1745 гг. – архимандрит Герасим (Завадовский), в 1745 (?) – 1753 гг. – архимандрит Иоасаф (Маевский), с 1 ноября 1753 г. – архимандрит Никанор (ум. в 1768 г.), в 1768–1772 гг. – библеист архимандрит Гедеон (Сломинский), в 1772–1775 гг. – архимандрит Иларион (Кондратовский), в 1775–1785 (?) гг. – архимандрит Гавриил (Гуляницкий), в 1786 г. – архимандрит Амфилохий (Леонтович). 2 июля 1744 г. императрица Елизавета Петровна подтвердила указ императора Петра I о ставропигиальном статусе обители, а 7 сентября 1744 г. посетила Межигорский в честь Преображения Господня монастырь, беседовала и обедала с архимандритом Герасимом (Завадовским). В книге «Лифос» (Киев, 1640 гг.) сообщается, что в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре проживало 150 иноков. Считается, что в именитый «казацкий» монастырь приходили принимать постриг старые запорожцы. Монастырские ведомости корректируют это утверждение. За девять лет (1765–1773) здесь приняли постриг 47 человек. Из них 11 были «козачьими сынами», но все занимались мирным трудом. В 1774 г. в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре и в вотчинах проживало 23 иеромонаха, 12 иеродиаконов, 36 монахов; в Запорожской Сечи и приписном Самарском Пустынном во имя святителя Николая Чудотворца монастыре – 17 иеромонахов, 8 иеродиаконов, 16 монахов. К 1786 г. насельниками в обители были наместник, архимандрит, 25 иеромонахов, 13 иеродиаконов, 33 монаха (без учёта проживавших в Сечи и в приписном монастыре). В 1786 г. Межигорский в честь Преображения Господня монастырь был упразднён. В апреле 1787 г. в Киев прибыла императрица Екатерина II, которая собиралась осмотреть строения бывшего монастыря. Однако 23 апреля, накануне её визита, в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре произошёл пожар, сгорели три деревянные церкви. По местному преданию, Межигорский в честь Преображения Господня монастырь сожгли сами монахи в знак протеста против ликвидации Запорожской Сечи и упразднения монастыря в 1786 г.