Братия Межигорского в честь Преображения Господня монастыря осуществляла духовное окормление запорожских казаков. В 1672–1686 гг. игумен Феодосий (Васьковский) переписывался с кошевыми атаманами Низового Запорожского войска об опекунстве над сечевой церковью в честь Покрова Пресвятой Богородицы, Межигорский в честь Преображения Господня монастырь обязывался присылать на Сечь ежегодно двух иеромонахов, двух иеродиаконов и уставщика. К Межигорскому в честь Преображения Господня монастырю был приписан Самарский Пустынный монастырь, расположенный на землях запорожцев. В конце 1708 г., после перехода на сторону шведов гетмана И.С. Мазепы, на Сечь прибыло посольство от Петра I, гетмана Ивана Ильича Скоропадского и Киевского митрополита Иоасафа (Кроковского),  которое должно было привлечь сечевиков на сторону царя. Посольская миссия не удалась, запорожцы перешли на татарскую территорию, и Межигорский в честь Преображения Господня монастырь утратил сечевую парафию до 1734 г. После возвращения запорожцев в российское подданство Межигорский в честь Преображения Господня монастырь восстановил опекунство над запорожской парафией и стал присылать своих монахов на Сечь каждые один – два года. Межигорских монахов возглавлял начальник сечевых церквей – настоятель Покровской церкви. Сечевые пастыри служили в храме, принимали у запорожцев присягу на верность императорам, зачитывали царские и синодальные указы, крестили неофитов, опечатывали сечевую Покровскую церковь во время казацких бунтов. При начальнике были помощники: два иеромонаха, два иеродиакона и монах. Один из иеромонахов назывался подначальным, второй – третяком, иеродиакон служил уставщиком, монах изготавливал свечи. Пономарь, повар и другие служители набирались из казаков. Все они жили за пределами Сечи, в том числе чернечем дворе. При сечевом начальнике служили монахи, которых он направлял на хутора и зимовники («запорожские дачи») для выполнения пастырских обязанностей и сбора милостыни. Количество межигорцев в Сечи колебалось от 5 человек в 1742 до 16 в 1774 г. В тёплое время года межигорские монахи служили также в походных церквах, расположенных на границах Низового Запорожского войска: на переправе в Никитином Перевозе (ныне Никополь), в урочищах Вербовом на реке Ингул, Омеловое, Кальмиус и Гард на реке Южный Буг. При сечевой церкви существовала школа, в которой учительствовал иеромонах или иеродиакон-уставщик. Дети (от 30 до 100 человек) учились петь, читать, писать, помогали в храме. Межигорский в честь Преображения Господня монастырь содержал госпиталь для старых казаков. По монастырским ведомостям 1760–1780 гг. количество «больничных» колебалось от 5 до 10 человек. В 1774 г., за год до ликвидации Запорожской Сечи, кошевой атаман Пётр Иванович Калнышевский с войском испросил у императрицы Екатерины II указ о присвоении сана архимандрита последнему сечевому начальнику Владимиру (Сокальскому), и Сечь перестала быть парафией обители.