Библиотека монастыря, по описи 1777 г., насчитывала 391 книгу (841 том), в том числе 53 рукописные (80 томов), 124 напечатанные «церковной печатью» (443 тома), 46 – «гражданской печатью» (71 том), 114 – на латинском языке (176 томов), 54 – на польском языке. Книги хранились в ризнице, отдельного помещения для библиотеки и библиотекаря не было. После упразднения Межигорского в честь Преображения Господня монастыря, по сведениям Михаила Александровича Максимовича, часть ризницы поступила в Александро-Невскую в честь Святой Троицы лавру и, как полагают исследователи, в полтавский в честь Воздвижения Креста Господня монастырь. По другим данным, часть межигорской ризницы была передана в Екатеринославский архиерейский дом, часть – в киевский Софийский монастырь. Впоследствии некоторые межигорские книги оказались на Кубани. К 2016 г. рукописные книги из Межигорского в честь Преображения Господня монастыря хранятся в Институте рукописи Национальной библиотеки Украины имени Владимира Ивановича Вернадского. Выявлены и описаны 33 рукописные книги: всемь книг XVI в., 16 книг XVII в. и девять книг XVIII в. Несколько книг хранится в Краснодарской краевой универсальной научной библиотеке имени Александра Сергеевича Пушкина, в частности, Евангелие, подаренное Межигорскому в честь Преображения Господня монастырю гетманом О. Гоголем. Сохранившиеся документы монастырского архива находятся в Центральном государственном историческом архиве Украины и в Институте рукописи Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского.