Перед кончиной патриарх завещал межигорцам 3 тыс. руб. на церковное строительство (хотел быть погребённым в обители). Согласно биографии Фёдора Михайловича Ртищева, в основанный им московский Андреевский училищный монастырь наряду с иноками киевского Братского монастыря приглашали и межигорских монахов. Игумен Феодосий ездил в Москву в 1670, 1676, 1680, 1681, 1690 гг., а межигорские монахи в последней трети XVII в. бывали в Москве почти ежегодно. В 1670 г. игумен Феодосий получил из царской казны 135 руб. деньгами и соболями, 30 руб. из патриаршей казны, ризы, ладан, сукно – всё это в размере гораздо большем, чем получали другие монастыри. В 1688 г. иеромонах Иродион (Жураковский) возглавил посольство к Московскому патриарху Иоакиму для подтверждения права Межигорского в честь Преображения Господня монастыря на ставропигию и для закрепления Запорожской Сечи в качестве парафии за этим монастырём. В начале 1689 г., уже будучи межигорским наместником, игумен Иродион (Жураковский) ездил в Батурин к гетману Ивану Степановичу Мазепе для подтверждения имущественных прав монастыря. В 1698 г. игумен Иродион (Жураковский) пребывал в Москве для «испрошения» милостыни. Указом царя Петра I от 12 февраля 1703 г. монастырь лишился ставропигии и стал подчиняться Киевскому митрополиту Варлааму (Ясинскому). Но уже 6 января 1709 г. настоятель Иродион (Жураковский) благодаря личным заслугам (в составе посольства царя Петра I был командирован в Запорожскую Сечь, чтобы убедить запорожцев отказаться от поддержки гетмана И.С. Мазепы и призвать их служить царю) получил от царя Петра I сан архимандрита и грамоту на возобновление ставропигии (указом Синода от 1 июня 1722 г. этот статус был подтверждён). В 1714 г. архимандриту Иродиону (Жураковскому) были пожалованы село Русаново, деревня Плоское и мельницы, доходы от которых поступали в казну обители. В апреле 1721 г. архимандрит Иродион (Жураковский) испросил в Синоде книгу для сбора пожертвований на восстановление монастыря, пострадавшего от пожара 1717 г. Настоятель (1722–1729 гг.) архимандрит Арсений (Берло) добился разрешения Синода собирать милостыню на строительство монастырских зданий, сгоревших во время пожара. Он активно защищал монастырские земли от посягательств как киевских мещан, так и киевского во имя святых Флора иЛавра женского монастыря, обращаясь за покровительством к императору Петру I. В 1726 г. архимандрит Арсений (Берло) получил разрешение Синода на постриг в обители «учёных людей», одним из них был Сильвестр (Кулябка; впоследствии архиепископ Санкт-Петербургский). В 1723 г. в Межигорский в честь Преображения Господня монастырь поступил Иоаким Андреевич Горленко (впоследствии Белгородский и Обоянский епископ Иоасаф). В обители он вёл строгий образ жизни, больше года питался только неварёной растительной пищей.