На этом Cоборе, который состоялся в декабре 1596 г. и собрал больше 2 тыс. участников, председательствовал Перуджи Джироламо Дандини; было зачитано письмо папы Климента VIII. Постановление Собора включало вопросы церковной практики, а также догматические положения, повторявшие решения Собора 1580 г. Выступая на Соборе, патриарх заверил папского нунция в том, что Маронитская католическая церковь всегда и во всём была и будет согласна с Римской церковью. Вскоре после Собора патриарх Саркис умер. Перуджи Джироламо Дандини категорически возражал против избрания на место главы маронитов брата скончавшегося, поскольку тот стал бы третьим братом на патриаршем престоле, фактически наследовав его. Тем не менее, папа Климент VIII одобрил предложенную кандидатуру, и следующим маронитским патриархом стал Юсеф III из семьи ар-Риззи. Стремясь максимально централизовать Маронитскую католическую церковь, Перуджи Джироламо Дандини настоял на созыве ещё одного Собора маронитских епископов в 1597 г. На нём были приняты шесть канонических правил и подтверждены постановления прежних Соборов. Однако эти правила с трудом внедрялись в богослужебную практику маронитов, их соблюдали иногда только на официальных епископских богослужениях. В XVI в. в Ливане практиковались смешанные браки маронитов с православными и совместное использование ими церковных зданий. В начале 1540 гг. православный Антиохийский патриарх Дорофей III даже заключил с маронитским патриархом Мусой аль-Аккари унию, предусматривавшую взаимное признание церковных таинств при сохранении в неизменном виде догматики обеих церквей. По мнению исследователей, в связи с этим запрет сочетаться браком с некатоликами и брать восприемников из некатолических общин был повторен на Соборе в Байт-Муса в 1598 г. На этом же Соборе епископы установили обязательное правило исповедоваться трижды в год: перед Рождеством, Пасхой и Пятидесятницей; подтверждалась замена принятых в маронитской традиции вариантов «institutio» на установительные слова из канона римской мессы; назначался пост для канунов праздников Богоявления, Сретения, Вознесения, Пятидесятницы, Преображения, Воздвижения Креста Господня, Всех святых. В 1606 г. патриарх Юсеф III ввёл григорианский календарь (тогда же марониты перешли на летосчисление от Рождества Христова). Среди маронитов Кипра и других диаспор это нововведение встретило сопротивление, продолжавшееся до конца XIX в. Папа Павел V (1605–1621 гг.) в 1610 г. рекомендовал новому патриарху Юханне IX сохранить некоторые церковные традиции маронитов ради единства церкви. Благодаря владетелям Кесруана европейские монахи-миссионеры смогли укрепиться не только на побережье, но и в горах Ливана. В 1625–1628 гг. капуцины основали миссии в Сайде и Бейруте, а также в горной деревне Айн-Тура. Иезуиты появились в Триполи (1645 г.), затем в Сайде и Кесруане. Кармелиты помимо монастыря в Бшарри получили миссию в Триполи (1643 г.). Позднее других (с 1783 г.) стали действовать в Ливане лазаристы. В 1643 г. маронитский патриарх Джирджис I Умейра, учившийся в Риме вместе с Маффео Барберини (папа Римский Урбан VIII в 1623–1644 гг.), передал кармелитам монастырь святого Елисея (Мар-Элиша).