Сведения о монастыре Марона близ Шайзара и о приверженности его насельников монофелитству содержатся также в пространной версии Жития православного подвижника святого Тимофея из Кахушты (вторая половина XI в.; исследователи предполагают, что описываемые события относятся ко второй половине VIII в.). В конце XI в. маронитский епископ Тума аль-Кафртаби в трактате «Десять глав» производит наименование монастыря, давшего название маронитам, не от имени Марон, а от сир. – «Господь наш», однако эта версия не получила распространения в позднейших источниках. Во второй половине XVI в. в связи с изучением церковной истории выяснилась важная роль монастыря святого Марона в полемике между православными и монофизитами в V–VI вв. Сведения о значении монастыря и прохалкидонитской позиции его насельников, в том числе об их переписке с Папским престолом, были включены в «Церковные анналы» кардинала Цезаря Барония. Благодаря публикации латинского перевода «Истории боголюбцев» Феодорита Кирского стало исследователям известно о преподобном Мароне, в память о котором был основан этот монастырь. Мнение о том, что преподобный Марон был эпонимом маронитов, впервые высказал кардинал Цезарь Бароний в примечаниях к «Римскому Мартирологу», и вскоре оно было заимствовано маронитскими авторами. По этой версии, марониты возникли как сообщество православных, объединившихся вокруг монастыря святого Марона, оплота халкидонитства в Сирии. Новая версия происхождения Маронитской церкви была изложена в предисловии к римскому изданию Миссала Маронитской католической церкви 1608 г., составленном маронитами Гавриилом Сионским и Иоанном Хасрунским. Маронитский автор А.Ф. Найрон (около 1625 – 1711 гг.) попытался объединить версию о халкидонитских истоках Маронитской церкви с преданием об Иоанне Мароне, легендарном первом маронитском патриархе. Он отождествил монофелита Марона, основателя общины маронитов, о котором упоминали средневековые авторы, с преподобным Мароном, о котором сообщал Феодорит Кирский. Опираясь на интерпретированные таким образом сведения источников, А.Ф. Найрон отвергал утверждения средневековых авторов о том, что марониты придерживались монофелитской ереси, как ошибочные или клеветнические. Кроме того, историк отождествил маронитов с мардаитами – воинами, действовавшими в VII–VIII вв. на границе Византии с арабским Халифатом, что позволило ему представить маронитов как борцов с мусульманами. А.Ф. Найрон включил в свою версию ранней истории маронитов и Иоанна Марона как православного Антиохийского патриарха, посланного Римским папой для борьбы с ересями и впоследствии оклеветанного еретическими авторами. Повествуя о деятельности Иоанна Марона, историк опирался, в основном, на версию Джибраила аль-Килаи (1447–1516 гг.), маронитского епископа Никосии (Кипр), известную ему в латинском и арабском пересказах. Благодаря манипуляции сведениями разнообразных источников А.Ф. Найрону удалось представить совершенно новую версию истории маронитов. Её последовательное изложение было предпринято патриархом Истифаном ад-Дувайхи (1670–1704 гг.) в сочинении «История маронитов».