Весной 1216 г., после присяги епископата и мирян на верность Папскому престолу, папский легат кардинал Пётр Капуанский вручил Иеремии знак епископского сана в католической церкви – перстень, а также патриарший паллий. Отныне новоизбранный патриарх должен был утверждаться в сане через признание папой Римским. Легат передал маронитам буллу папы Иннокентия III от января 1216 г., обращённую к маронитскому патриарху Иеремии II аль-Амшити, епископату и пастве Маронитской католической церкви. В ней содержался ряд предписаний по латинизации маронитских обрядов: обязательное троекратное погружение при крещении с однократным призыванием Святой Троицы; обязательное совершение конфирмации епископом, приготовление елея для помазания из масла со специальным благовонным бальзамом; обязанность верующих исповедоваться у духовника, по крайней мере, раз в год и причащаться три раза в год; изготовление потира не из стекла или дерева, а из металла; введение колоколов вместо принятых у восточных христиан деревянных бил; ношение священством риз латинского покроя, понтификальных митр и епископских посохов. Примечательно, что во избежание монофизитских уклонений отдельно оговаривалось исповедание двух природ во Христе. Устанавливалось число епископских и архиепископских кафедр. В булле папы Римского Александра IV (1254–1261 гг.) от 1256 г., адресованной маронитскому патриарху Семаану IV, ограничивались полномочия Маронитской католической церкви в сфере церковного суда: нарушения церковного права должны были разбираться в Риме. В рассмотренных документах не говорится об обязательном совершении евхаристии на пресном хлебе. Марониты и латинские католики молились в общих церквах. Маронитская знать жертвовала деньги на строительство храмов по европейскому образцу. После кончины патриарха Иеремии северо-ливанские противники латинизации не признали его преемника Даниила I из Шамата (1230 гг.). Оппозиция, симпатизировавшая Сирийской яковитской церкви, оплоту восточного обряда, сохранялась практически на протяжении всего XIII в. Патриарх Даниил II Хадшити, возглавивший маронитское сопротивление вторжению мамлюков, был схвачен и казнён в 1282 г. по приказу султана Калауна. После смерти патриарха Даниила II Хадшити параллельно с Иеремией III из Дмальсы, который был лоялен по отношению к крестоносцам, был избран патриархом Лука Банхрани, приверженец восточного обряда, обвинявшийся в монофизитстве, за что был объявлен антипатриархом. Противостояние внутри маронитской общины сошло на нет после падения Триполи в 1289 г. и ослабления контактов ливанских христиан с латинским Западом. Лишь через два века (в 1488 г.) в этих местах вновь вспыхнул и окончательно погас латинско-яковитский конфликт. Захват мамлюками всего ливанского побережья резко изменил положение маронитской общины. Если при крестоносцах марониты были самой привилегированной группой среди местного населения, то теперь они вернулись к правовому статусу зиммиев – иноверцев, пользующихся покровительством мусульманского государства в обмен на уплату подати и лояльность. При мамлюках началась массовая миграция маронитов на Кипр. Период правления Лузиньянов (до 1489 г.) для маронитов Кипра и Родоса был отмечен относительным спокойствием и процветанием. Мусульманские власти воспринимали восточных христиан и другие иноверные группы населения как потенциальных союзников крестоносцев.